结论前置：公司因员工假期调休而扣双倍工资的做法，通常是不合法的。
法律背景与解释：
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是劳动者因提供劳动而获得的报酬，用人单位应当按照劳动合同约定的时间和标准支付工资。
- 调休是用人单位因工作需要，安排劳动者在休息日工作后，给予劳动者相应天数的休息时间以补偿其额外劳动的一种制度。调休本身并不应导致工资的减少或扣除。
扣双倍工资的非法性：
- 公司因员工假期调休而扣双倍工资，实际上是对员工劳动成果的非法剥夺。这种做法违反了劳动法中关于工资支付的规定，也损害了员工的合法权益。
- 除非有明确的劳动合同约定或法律法规允许，否则用人单位不得随意扣除员工的工资，更不得因调休而加倍扣除。
可能的法律后果：
- 如果公司坚持这种不合法的做法，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司补发被扣除的工资，并可能获得相应的赔偿。
- 此外，公司还可能因违反劳动法律法规而面临行政处罚或民事责任。
法律建议：
- 与公司沟通：首先，你可以尝试与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，明确表达你对扣双倍工资做法的不满，并要求公司纠正这一错误做法。
- 收集证据：如果沟通无果，你需要收集相关证据，如工资条、调休通知、劳动合同等，以证明公司扣除了你的双倍工资。
- 寻求法律援助：在收集到足够证据后，你可以向当地的劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。如果需要，你还可以咨询专业律师，以获得更全面的法律援助。
后续行动指导：
- 在处理此类问题时，请保持冷静和理性，避免与用人单位发生不必要的冲突。
- 遵循法律程序，通过合法途径维护自己的权益。
- 如有需要，及时寻求专业律师的帮助，以确保你的权益得到充分保护。
总之，公司因员工假期调休而扣双倍工资的做法是不合法的。如果你遇到了这种情况，不要害怕或妥协，而是应该积极采取措施维护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。