建设单位将桩基工程单独发包是违法的。以下从法律背景、法律后果以及合法分包的条件三个角度进行详细分析：

一、法律背景

根据《中华人民共和国建筑法》第二十四条的明确规定，以及《建筑工程施工发包与承包违法行为认定查处管理办法》的相关条款，建设单位不得将应当由一个承包单位完成的建设工程肢解发包给多个单位。桩基工程作为建筑工程的重要组成部分，其完整性和质量对于整个建筑工程的安全和稳定性至关重要。因此，法律明确禁止建设单位将桩基工程单独发包，以防止工程被肢解发包，从而保障工程质量和安全。

二、法律后果

如果建设单位擅自将桩基工程单独发包，将面临严重的法律后果。具体来说：

1. 合同无效：根据国务院《建设工程质量管理条例》的相关规定，肢解发包行为是违法的，所签订的建设工程施工合同无效。这意味着，如果甲方擅自将桩基工程单独发包，该合同将不具备法律效力。

2. 法律责任：建设单位可能需要承担相应的法律责任，包括罚款、赔偿损失等。例如，在顺德区龙江镇某住宅项目桩基础工程违法发包案件中，建设单位被处以罚款，罚款金额为涉案桩基础工程合同价款的0.85%。

3. 工程质量和进度风险：单独发包还可能影响工程质量和进度，给整个建筑工程带来不可估量的风险和损失。无资质承包方可能偷工减料、技术不足，易引发质量问题；肢解发包导致责任主体不清，增加安全事故发生概率。

三、合法分包的条件

如果建设单位确实需要将桩基工程进行分包，必须满足以下合法分包的条件：

1. 取得发包人同意：分包必须取得发包人的同意，这是分包行为合法性的前提。

2. 一次分包：分包只能是一次分包，即分包单位不得再将其承包的工程分包出去，以防止工程被无限次分包，影响工程质量和安全。

3. 资质条件：分包必须是分包给具备相应资质条件的单位，确保分包单位具备完成分包工程所需的技术、管理和资金实力。

4. 不得分包主体工程：总承包人可以将承包工程中的部分工程发包给具有相应资质条件的分包单位，但不得将主体工程分包出去，以保证主体工程的完整性和质量。

建议：建设单位在发包桩基工程时，务必遵守相关法律法规的规定，不得擅自将桩基工程单独发包。如果确实需要分包，应确保满足合法分包的条件，并选择具备相应资质条件的分包单位进行合作。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。