公司扣除保底工资是否违规，需结合具体情况分析。以下是对此问题的详细分析：

一. 劳动合同约定与保底工资

1. 劳动合同的约束力：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三条，依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。因此，保底工资作为劳动合同的一部分，受法律保护。

2. 保底工资的支付：如果劳动合同中明确约定了保底工资的数额和支付条件，用人单位应当按照约定及时足额支付。

二. 公司扣除保底工资的情形分析

1. 无故扣除违法：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条和《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
   • 分析：如果公司没有正当理由，单方面扣除劳动者的保底工资，构成违法行为。劳动者有权要求支付被扣除的工资，并可向劳动行政部门投诉或申请仲裁。

2. 合法扣除的情形：

   • 代缴费用：如代缴个人所得税、社会保险费用等，这种扣除行为通常是合法的。
   • 经济损失赔偿：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

三. 保底工资与最低工资标准的关系

1. 最低工资保障制度：根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度。用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。

2. 分析：公司在扣除保底工资时，必须确保扣除后的工资数额不低于当地规定的最低工资标准。否则，即使扣除行为本身有正当理由，也可能因违反最低工资保障制度而构成违法。

四. 建议与行动

1. 查阅合同与法规：劳动者应首先查阅劳动合同中关于保底工资的具体约定，并了解当地最低工资标准。

2. 与公司沟通：如果公司扣除保底工资没有合法依据，劳动者应与公司进行沟通，要求公司说明扣除理由并提供相关证据。

3. 法律途径：如果公司无法给出合理解释或拒绝支付被扣除的工资，劳动者可以向劳动监察机构投诉或提起劳动仲裁，维护自身合法权益。

我的观点：公司扣除保底工资是否违规，关键在于是否有合法依据。劳动者应了解自己的权益，并在必要时通过法律途径维护自身合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。