刑事案件的违法所得一般不能直接由公安机关上缴国库，而是需经法院判决后由执行机关依法处理。具体分析如下：

1. 违法所得的认定与追缴程序
   根据《中华人民共和国刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。

   • 追缴主体：公安机关在侦查阶段可对违法所得采取查封、扣押、冻结等措施，但无权直接处置。
     
   • 判决环节：法院需在判决中明确违法所得的处置方式（如追缴、没收），未经判决的财物不得擅自处理。

2. 执行阶段的处置规则

   • 法院主导执行：判决生效后，由法院执行部门或委托其他机关（如公安机关）将违法所得上缴国库。
     
   • 例外情形：若涉及危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪等特定案件，可能依据《刑事诉讼法》第三百条由国家安全机关、海关等部门协助执行，但仍需以法院判决为依据。

3. 公安机关的权限边界
   公安机关在侦查阶段可依法扣押、冻结涉案财物，但需在移送审查起诉时将相关清单及财物一并移交检察院，最终由法院判决处置。擅自上缴国库可能违反法定程序，导致证据效力瑕疵或国家赔偿风险。

实务建议：

• 若涉及违法所得处置争议，建议结合具体案情（如财物性质、判决内容）分析执行合法性。
  
• 对公安机关处置行为有异议的，可通过申请执行监督或提起行政诉讼维护权益。
  

如有进一步疑问，可直接提供案件细节，我将结合法条与司法实践为您详细解答。