机关单位安排员工做和专业无关的工作，是否合法需分情况讨论：
若劳动合同或单位规章制度中有明确约定：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当明确约定工作内容和工作地点。如果劳动合同或单位规章制度中已经明确规定了员工的工作岗位和职责，而机关单位未经员工同意，擅自安排其从事与专业无关的工作，这可能构成违约。员工有权要求单位按照劳动合同的约定履行义务，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
若劳动合同或单位规章制度中无明确约定，但属于临时性、辅助性工作：
- 在某些情况下，机关单位可能因工作需要，临时安排员工从事一些与专业不完全相关但属于辅助性、临时性的工作。如果这种安排是合理的，且没有给员工造成实质性的损害，那么这种安排可能是合法的。但单位应当与员工进行充分沟通，并尽可能考虑员工的意愿和专业背景。
若单位行为违反法律法规或侵犯员工权益：
- 如果机关单位的安排违反了相关法律法规，比如侵犯了员工的休息权、健康权等，或者给员工造成了实质性的损害，那么这种安排就是不合法的。员工有权拒绝这种安排，并通过法律途径维护自己的合法权益，包括向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等。
法律建议：
- 与单位沟通：如果员工对机关单位的安排有异议，首先应当与单位进行沟通，表达自己的意愿和关切，尝试通过协商解决问题。
- 查阅劳动合同和规章制度：员工应当仔细查阅自己的劳动合同和单位的规章制度，了解自己的权利和义务，以及单位的行为是否违反了相关规定。
- 寻求法律援助：如果沟通无果，或者单位的行为明显违反了法律法规，员工可以寻求法律援助，比如咨询专业律师，了解自己的法律权益和维权途径。
可能的法律后果：
- 如果机关单位的安排被认定为违法，单位可能需要承担相应的法律责任，包括赔偿员工的损失、恢复员工的工作岗位等。
- 员工如果因为拒绝不合法的安排而受到单位的报复或歧视，也可以依法维护自己的权益。
总之，机关单位安排员工做和专业无关的工作是否合法，需要根据具体情况进行判断。员工应当了解自己的法律权益，并在必要时寻求法律援助。如果有任何法律问题，都可以直接向我咨询。