结论：是否应该扣除员工2000元，不能一概而论，需结合具体情况、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。
一、从公司规章制度角度分析
规章制度合法性：
- 公司若要在员工造成损失时进行扣款，首先需确保其规章制度（如员工手册、劳动合同等）中明确规定了此类情况下的扣款条款，并且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）且已向员工公示或告知。
- 若规章制度未经过民主程序或未向员工公示，则其中的扣款条款可能因缺乏合法性而无法被执行。
扣款合理性：
- 即便规章制度中有扣款条款，扣款金额也需合理。一般来说，扣款金额不应超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 在本案例中，若员工月工资较高，扣除2000元后仍不低于最低工资标准，且扣款比例未超过当月工资的20%，则从规章制度角度看，扣款可能是合理的。但具体还需看规章制度中的具体规定。
二、从法律法规角度分析
《工资支付暂行规定》：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 在本案例中，若员工因个人原因造成公司4万多元损失，且公司规章制度中有相关扣款条款，同时扣款金额符合上述规定，则公司有权扣除员工部分工资作为赔偿。
过错原则：
- 法律上通常遵循过错原则，即谁过错谁承担责任。若员工在干活过程中存在故意或重大过失导致公司损失，则员工应承担相应责任。但若员工仅存在一般过失或无过失，则公司可能无法要求员工承担全部损失。
三、综合建议
核查规章制度：
- 公司应首先核查其规章制度中是否有关于员工造成损失时扣款的相关规定，以及这些规定是否合法有效。
评估扣款合理性：
- 公司应评估扣款金额是否合理，是否超过员工当月工资的20%，以及扣除后的剩余工资是否低于当地最低工资标准。
与员工协商：
- 在决定扣款前，公司应与员工进行充分沟通，解释扣款的原因和依据，并听取员工的意见和申诉。
寻求法律帮助：
- 若公司对扣款问题存在疑虑或无法与员工达成一致，可寻求专业法律帮助，以确保扣款行为的合法性和合理性。
举例说明：假设员工月工资为10000元，当地最低工资标准为2000元。若公司规章制度中规定员工因个人原因造成公司损失时需承担部分赔偿责任，且扣款比例不超过当月工资的20%，则公司最多可扣除员工2000元作为赔偿（10000元*20%=2000元），且扣除后员工剩余工资为8000元，不低于最低工资标准。在此情况下，扣款行为可能是合法的。但具体还需看规章制度中的具体规定以及员工在造成损失过程中的过错程度。
最后，每个案件的具体情况都有所不同，若公司或员工对扣款问题存在疑虑，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更准确的法律建议。