子公司可以和母公司签订采购协议，但需满足特定条件并遵循相关法律规定，否则可能面临合同效力争议、行政处罚风险及民事责任承担等法律后果。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律原则层面
合同主体变更的限制：
- 根据《招标投标法》第四十六条，招标人和中标人应当按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，且不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。这表明，合同主体（招标人和中标人）在合同订立后原则上不得擅自变更。
- 若母公司作为招标人，子公司作为签约方，实际上变更了合同主体，可能构成对合同实质性条款的修改，从而引发法律问题。
合同实质性内容的保护：
- 《招标投标法实施条例》第五十七条规定，合同的标的、价款、质量、履行期限等主要条款应当与招标文件和中标人的投标文件的内容一致。合同主体作为合同成立的基本要素，其变更同样可能构成对合同实质性条款的修改。
二、可能导致的法律后果
合同效力争议：
- 根据《民法典》第一百四十六条，若母公司通过子公司签约系为规避法律义务，可能被认定为“虚假意思表示”，从而导致合同无效。
行政处罚风险：
- 《招标投标法》第五十九条规定，招标人与中标人不按照招标文件和中标人的投标文件订立合同的，可能面临责令改正及罚款的行政处罚。
民事责任承担：
- 中标人可依据《民法典》第五百七十七条主张违约责任，要求继续履行与招标人（母公司）签约的义务，或主张赔偿损失。
三、例外情形及认定标准
尽管存在上述法律限制和风险，但在某些特定情形下，子公司与母公司签订采购协议可能被认定有效：
招标文件事先明示：
- 若招标文件中明确载明“中标人须与招标人指定关联公司（如子公司）签约”，且该条款未违反法律强制性规定，则这种安排可能被认定有效。但需注意，这种做法需要根据项目性质及特点进行综合分析。
合同权利义务概括转移：
- 根据《民法典》第五百五十五条，在合同履行阶段经中标人同意，可将合同权利义务概括转移至子公司。但此时需重新办理审批备案手续，以确保合同的合法性和有效性。
政府采购特殊规定：
- 根据《政府采购法》第四十三条，政府采购合同可由采购人委托代理机构签订，但代理机构须以采购人名义签约。这一规定为政府采购中的特殊签约方式提供了法律依据，但同样需要遵循相关程序和规定。
四、法律建议
招标文件明确披露：
- 若母公司确需子公司签约，应在招标文件中明确披露该安排，并在投标人须知中设置特别条款，以确保投标人充分了解并同意这一安排。
中标单位要求书面承诺：
- 中标单位遇此情形时，应要求招标人（母公司）出具书面承诺函，确认子公司签约行为视为招标人行为，以降低法律风险。
违规签约行为的维权途径：
- 对于已发生的违规签约行为，建议通过行政投诉（向发改委或住建部门）与司法救济（合同效力确认之诉）并行维权，以维护自身合法权益。
在实际操作中，建议子公司和母公司在签订采购协议前，充分了解并遵循相关法律规定，必要时咨询专业律师以确保合同的合法性和有效性。如有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。