结论前置：法院认定投资款实缴，主要从实际出资证据、代持协议约定、公司财务记录及工商登记信息等多方面综合判断。以下分情况详细说明：

1. 实际出资证据
   法院会重点审查出资人是否提供了银行转账记录、收据、验资报告等直接证据，证明其已将资金实际转入公司账户。若出资人能提供完整的资金流向证据（如从个人账户转至公司账户的凭证），且金额与认缴出资额一致，法院通常会认定实缴义务已履行。
   例外情形：若转账备注不明确（如未注明“投资款”），或资金转入后被立即转出，可能被质疑为“虚假出资”，此时需结合其他证据补强。

2. 代持协议的约定
   若存在书面代持协议，且协议中明确约定“实际出资人负责实缴，名义股东仅代为持有股份”，法院会优先尊重双方意思自治。但需注意：

   • 协议需合法有效（如未违反强制性规定）；
     
   • 协议内容需与实际履行情况一致（如协议约定实缴100万，但实际仅出资50万，可能被认定部分未履行）。
     若无书面协议：法院可能通过聊天记录、录音等间接证据推断双方真实意思，但证明难度较高。

3. 公司财务与工商登记
   法院会核查公司财务账簿、验资报告等内部文件，确认出资是否纳入公司实收资本。若公司财务记录显示出资已到位，且工商登记信息（如章程、股东名册）与实际出资情况一致，可强化实缴认定的说服力。
   矛盾情形：若财务记录与工商登记冲突（如财务记为未出资，但工商显示已实缴），法院可能要求公司或名义股东解释，并倾向于保护善意第三人利益。

4. 名义股东的配合义务
   若名义股东承认代持关系及实际出资事实，其陈述可作为辅助证据。但若名义股东否认，法院可能要求实际出资人进一步举证（如资金来源、参与公司管理等），甚至可能通过司法鉴定（如笔迹鉴定协议真实性）或第三方证人证言补强。

实务建议：

• 保留完整的出资证据链（转账记录、协议、公司确认文件等）；
  
• 代持协议尽量书面化，明确权利义务；
  
• 若涉及纠纷，及时通过法律程序确认股权归属，避免名义股东擅自处分股份。
  

如有具体案件细节，可进一步向我说明，我会结合证据情况提供更精准的分析。