交通事故死亡补偿金协议中，车主已签字但车不在事故现场，该签字在法律上通常是有效的。以下从不同角度为您详细分析：

一、签字有效性的法律基础

1. 自愿原则：根据法律规定，双方在自愿的前提下签订的交通事故死亡人员赔偿协议是有效的。这意味着，只要车主在签订协议时是出于自愿，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响，那么其签字就是有效的。

2. 协议内容合法性：赔偿协议应当包含双方当事人的基本信息、赔偿的项目、赔偿的金额、赔偿款的支付方式、违约责任以及双方当事人的签字等要素。只要协议内容不违反法律法规的强制性规定，就应当认定为有效。

二、车不在事故现场对签字有效性的影响

1. 无直接关联：车不在事故现场这一事实，与车主签字的法律效力无直接关联。签字的法律效力主要取决于签字时是否出于自愿、协议内容是否合法以及签字人是否具有相应的民事行为能力。

2. 可能影响责任认定：虽然车不在事故现场不影响签字的法律效力，但它可能影响事故责任的认定。如果车主能够证明车辆在事故发生时并非由其驾驶，或者存在其他免责事由，那么这可能对最终的赔偿数额产生影响。然而，这并不改变已经签订的赔偿协议的效力。

三、可能存在的例外情况

1. 重大误解或显失公平：如果赔偿协议存在重大误解或显失公平的情况，例如赔偿数额明显低于法定标准，或者车主在签订协议时对事故情况存在重大误解，那么协议可能被撤销或变更。但这种情况需要车主提供充分的证据来证明。

2. 协议违反法律法规：如果赔偿协议的内容违反了法律法规的强制性规定，例如约定了非法的赔偿方式或数额，那么协议将被认定为无效。

四、法律建议

1. 审查协议内容：在签订赔偿协议前，车主应仔细审查协议内容，确保协议内容合法、合理且明确。

2. 保留证据：车主应保留与事故相关的所有证据，包括事故现场照片、证人证言、医疗记录等，以备不时之需。

3. 咨询专业律师：如果车主对赔偿协议或事故责任认定存在疑问，应及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和帮助。

总结来看，交通事故死亡补偿金协议中车主已签字但车不在事故现场，该签字在法律上通常是有效的。但车主仍需注意协议内容的合法性和合理性，并保留相关证据以备不时之需。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。