单位之间转账超过40万元，需根据转账性质、资金来源及用途，结合反洗钱、税务及行业监管规定处理，具体分以下情况：

1. 合规性审查：是否符合反洗钱规定
   根据《反洗钱法》及金融机构大额交易报告制度，单位账户单笔或当日累计转账超过20万元（部分地区为50万元）的，银行需向反洗钱监测分析中心报告。若转账超过40万元，银行可能主动联系单位核实交易背景，单位需配合提供合同、发票、业务协议等证明材料，证明资金来源合法、用途真实。若无法提供，可能被认定为可疑交易，面临账户冻结或进一步调查。

2. 税务合规：是否涉及应税行为
   若转账涉及商品销售、服务提供等应税行为，需确认是否已开具合规发票并申报纳税。例如：

   • 销售货物：需按增值税税率（如13%、9%）计算销项税，未开票或未申报可能被税务机关追缴税款及滞纳金；
     
   • 借款利息：若转账为关联方借款，需按“贷款服务”缴纳6%增值税，且利息支出需符合独立交易原则，否则可能被调整；
     
   • 无偿划转：若为母子公司间无偿划转资金，可能被税务机关视为捐赠，需按“其他所得”缴纳20%企业所得税。
     

3. 行业监管：是否受特殊规定限制
   部分行业对资金往来有额外限制，例如：

   • 金融行业：非金融机构不得违规从事资金支付结算业务，否则可能被认定为“非法经营”；
     
   • 房地产行业：开发企业预售资金需存入监管账户，擅自转出可能面临行政处罚；
     
   • 政府采购：需通过国库集中支付系统，直接转账可能违反财政资金管理规定。
     

4. 合同与内部审批：是否履行必要程序
   单位内部需审查转账是否符合财务制度，例如：

   • 合同依据：转账需与书面合同金额、付款方式一致，否则可能被认定为“账外资金”；
     
   • 审批流程：需经财务负责人、分管领导审批，大额资金可能需上会决策；
     
   • 关联交易：若涉及关联方，需按公司章程或上市公司规则披露，否则可能损害中小股东利益。
     

建议行动步骤：

1. 立即联系银行，确认是否已触发大额交易报告，并按要求补充材料；
   
2. 核对税务申报记录，确保转账对应的收入或支出已合规处理；
   
3. 审查内部审批文件及合同，避免程序瑕疵；
   
4. 若涉及特殊行业，咨询行业主管部门确认合规性。
   

风险提示：未按规定处理可能导致账户冻结、税务处罚（如补税、罚款）、行政处罚（如吊销许可证）或刑事责任（如洗钱罪）。如有疑问，可直接向我咨询具体场景下的合规方案。