核心前提：招标中标后合同已签订，但发现投标人单项报价超过了招标时设定的限价。
结论前置：
- 合同效力可能受影响：若投标人单项报价超过限价违反了招标文件的强制性规定，该合同可能因违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗而面临被认定无效的风险。
- 需审查招标文件与合同条款：具体影响取决于招标文件中的相关条款以及合同中的具体约定，包括是否设有关于报价超限的处罚或救济措施。
- 可能涉及违约责任：若合同有效且明确规定了报价超限的违约责任，中标人可能需要承担相应的违约责任。
详细分析：
合同效力问题：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，招标文件对投标人具有法律约束力。若投标人的单项报价超过了招标文件中明确设定的限价，且该限价属于招标文件的实质性要求和条件，那么投标人的报价行为可能构成对招标文件的违反。
- 在此情况下，如果中标后签订的合同是基于该违规报价，那么该合同可能因违反法律、行政法规的强制性规定（如招标投标法的相关规定）而面临被认定无效的风险。但需注意，合同无效的认定需由法院或仲裁机构根据具体案情作出。
招标文件与合同条款的审查：
- 需要仔细审查招标文件，特别是关于报价限价、报价有效性、废标条件等条款，以确定投标人报价超限是否违反了招标文件的强制性规定。
- 同时，也需要审查合同中的相关条款，包括是否设有关于报价超限的处罚或救济措施，以及这些条款是否合法有效。
违约责任问题：
- 如果合同有效，并且合同中明确规定了报价超限的违约责任（如罚款、解除合同等），那么中标人可能需要按照合同约定承担相应的违约责任。
- 但如果合同中没有明确规定或规定不明确，那么可能需要根据《中华人民共和国民法典》中关于违约责任的一般规定来处理。
建议行动：
- 立即审查招标文件和合同条款，以确定报价超限的具体性质和后果。
- 如果发现合同可能因报价超限而无效或存在其他法律风险，建议及时与招标人沟通，寻求协商解决方案。
- 如果协商无果或认为自身权益受到侵害，建议及时寻求法律援助或提起诉讼/仲裁以维护自身权益。
如有任何进一步疑问或需要具体法律建议，请直接向我咨询。