施工单位投标超过限价，通常会导致投标文件被认定为无效投标，但具体处理方式需结合招标文件规定和实际情况综合判断。以下是详细分析：

1. 招标文件明确规定超过限价无效的情形
   若招标文件在“投标人须知”或“评标办法”中明确载明“投标报价超过最高限价的，按无效投标处理”，则施工单位投标文件会被直接否决。此时施工单位需承担以下后果：

   • 投标保证金可能被没收（若招标文件约定）；
     
   • 失去中标资格，且可能影响企业信用评价（部分地区对无效投标有记录机制）；
     
   • 若存在串标、围标等违法行为，还可能面临行政处罚（如《招标投标法》第五十三条规定的罚款、没收违法所得等）。
     

2. 招标文件未明确规定但限价合理的情形
   若招标文件未明确约定超过限价的后果，但限价本身符合《招标投标法实施条例》第二十七条“招标人设有最高投标限价的，应当在招标文件中明确”的规定，评标委员会仍可依据《评标委员会和评标方法暂行规定》第二十一条，以“报价明显低于其他投标人或成本”为由要求施工单位书面说明并提交证明材料。若施工单位无法证明报价合理性，评标委员会可否决其投标。

3. 特殊情形：限价设置违法或显失公平
   若限价本身违反法律规定（如低于成本价），施工单位可提出异议或投诉：

   • 异议阶段：在投标截止时间10日前向招标人提出书面异议（《招标投标法实施条例》第二十二条）；
     
   • 投诉阶段：若招标人未答复或答复不满意，可在知道或应当知道之日起10日内向行政监督部门投诉（《招标投标法实施条例》第六十条）；
     
   • 法律后果：若限价被认定违法，招标人需重新招标，施工单位可能获得赔偿（如因准备投标产生的合理费用）。
     

建议施工单位采取以下措施：

• 投标前仔细核对招标文件中的限价条款，避免报价错误；
  
• 若发现限价违法，及时通过异议、投诉程序维护权益；
  
• 若已因超限价被否决投标，可要求招标人或评标委员会出具书面否决理由，评估是否需要进一步维权。
  

如有具体案件细节（如招标文件条款、报价金额等），可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的分析。