房屋被长期侵占，诉讼时效一般从权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算，通常为三年；但存在特殊情况，如请求返还不动产物权则不适用诉讼时效规定。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的诉讼时效
诉讼时效期间：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这意味着，在房屋被侵占的情况下，权利人需要在知道或应当知道房屋被侵占之日起三年内提起诉讼，以维护自己的合法权益。
起算点：诉讼时效的起算点是从权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。例如，如果您发现房屋被他人非法占有，并且此时您知道侵权事实，那么三年诉讼时效就开始计算。
最长保护期限：虽然诉讼时效一般为三年，但自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。不过，如果有特殊情况，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
二、特殊情况下的诉讼时效
请求返还不动产物权：如果房屋被侵占，但权利人基于物权的返还原物请求权去起诉，那么这种情况不适用诉讼时效的规定。也就是说，无论过了多久，物权人理论上都可要求侵占人返还房屋。
基于债权请求权的诉讼时效：如果权利人基于债权请求权，如要求赔偿因房屋被侵占造成的损失等，那么就适用三年诉讼时效的规定。
三、诉讼时效的中断与中止
诉讼时效中断：在诉讼时效期间内，如果权利人向侵占人主张过权利，或者侵占人同意履行义务等情形，会导致诉讼时效中断。从中断时起，诉讼时效期间重新计算。
诉讼时效中止：在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因不可抗力等障碍不能行使请求权的，诉讼时效中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。
四、建议与注意事项
及时收集证据：在发现房屋被侵占后，权利人应及时收集相关证据，如房屋产权证明、侵占房屋的相关证人证言、视听资料等。这些证据在后续的诉讼过程中将起到至关重要的作用。
在诉讼时效内起诉：为了避免因超过诉讼时效而败诉的风险，权利人应在诉讼时效内尽快向法院提起诉讼。
关注特殊情况：权利人应关注是否存在特殊情况，如请求返还不动产物权等，以确定是否受诉讼时效的约束。
举例说明：假设您在2020年1月1日发现房屋被他人非法占有，并且此时您知道侵权事实。那么，根据三年诉讼时效的规定，您需要在2023年1月1日之前向法院提起诉讼。但是，如果您在诉讼时效期间内向侵占人主张过权利，或者侵占人同意履行义务等情形导致诉讼时效中断，那么诉讼时效期间将重新计算。
如果您正面临房屋被侵占的困扰，并且对诉讼时效等相关法律问题不太清楚，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议。