房子要等两年后过户，买卖协议通常是有效的。以下从不同角度为您详细分析：

合同效力角度

根据《民法典》的相关规定，合同生效需要满足几个基本条件：行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律行政法规的强制性规定以及不违背公序良俗。在您所描述的情况中，只要买卖双方在签订协议时都具备完全的民事行为能力，且协议内容是双方真实意思的表示，没有违反法律法规的强制性规定，也没有违背公序良俗，那么这份买卖协议就是合法有效的。房产需要等两年后过户这一事实，并不影响合同本身的效力。

合同履行角度

虽然合同有效，但可能存在交易限制。部分地方规定房产未满一定年限（如两年）不能过户，这属于合同履行层面的问题，并不影响合同的效力。如果因为政策原因导致无法过户，那么卖方可能会构成违约，需要承担相应的违约责任，比如赔偿买方的损失、支付违约金等。

实际操作建议

1. 明确合同条款：在签订买卖协议时，双方应明确约定过户的时间、条件以及违约责任等条款。这样，在后续履行过程中，如果出现问题，可以依据合同条款来处理。
2. 关注政策变化：由于房产交易可能受到政策的影响，因此双方在签订协议后，应密切关注相关政策的变化。如果政策发生变化，导致无法按照原协议履行，双方应及时协商，调整合同条款或采取其他补救措施。
3. 保留相关证据：在交易过程中，双方应保留好与交易相关的所有证据，如协议文本、付款凭证、沟通记录等。这些证据在后续可能出现的纠纷中，将起到至关重要的作用。

举例说明：假设小张和小李签订了一份房产买卖协议，约定两年后过户。在协议签订后不久，当地出台了新政策，规定房产未满两年不能过户。这时，小张和小李可以依据协议中的违约责任条款来协商处理。如果协议中没有明确约定，他们也可以根据实际情况和公平原则来协商解决方案。

综上所述，房子要等两年后过户，买卖协议通常是有效的。但双方在签订协议时，应明确约定相关条款，并密切关注政策变化，以应对可能出现的风险。如果您在房产交易过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。