对于使用单位被发放特种设备指令书但不整改的情况，相关部门是有权进行查封的。以下从法律背景、法律建议及可能的法律后果三个方面进行详细分析：
法律背景
根据《中华人民共和国特种设备安全法》的相关规定，特种设备生产、经营、使用单位有义务接受负责特种设备安全监督管理的部门依法实施的监督检查，并按照要求进行整改。如果拒不接受监督检查或逾期未改正的，相关部门有权采取进一步的行政措施。具体来说：
- 拒不接受监督检查：根据《中华人民共和国特种设备安全法》第九十五条，特种设备生产、经营、使用单位拒不接受负责特种设备安全监督管理的部门依法实施的监督检查的，将被责令限期改正；逾期未改正的，将被责令停产停业整顿，并处二万元以上二十万元以下罚款。
- 擅自动用被查封设备：如果特种设备生产、经营、使用单位擅自动用、调换、转移、损毁被查封、扣押的特种设备或者其主要部件的，也将被责令改正，并处五万元以上二十万元以下罚款；情节严重的，还将被吊销生产许可证，注销特种设备使用登记证书。
法律建议
- 立即整改：使用单位在收到特种设备安全监察指令书后，应立即按照要求进行整改，确保特种设备的安全运行。
- 配合监督检查：使用单位应积极配合负责特种设备安全监督管理的部门的监督检查工作，提供必要的资料和协助。
- 寻求专业帮助：如果对整改要求或监督检查过程有疑问，使用单位可以寻求专业律师或相关机构的帮助，以确保合规操作。
可能的法律后果
- 查封措施：如果使用单位拒不整改或逾期未改正，相关部门有权对特种设备进行查封，以确保公共安全。
- 罚款与停产停业：除了查封措施外，使用单位还可能面临罚款、停产停业整顿等行政处罚。
- 吊销许可证与注销登记：在情节严重的情况下，使用单位的生产许可证可能被吊销，特种设备使用登记证书也可能被注销。
举例说明：
假设某使用单位收到特种设备安全监察指令书，要求其对一台超期未检的起重机进行整改。但该单位未按照要求进行整改，继续使用该起重机。在这种情况下，相关部门有权对该起重机进行查封，并对使用单位处以罚款。如果使用单位仍然拒不改正，相关部门还可以责令其停产停业整顿，甚至吊销其生产许可证。
综上所述，使用单位在收到特种设备指令书后应立即整改并配合监督检查工作，以避免可能的法律后果。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。