公司可通过以下方式证明员工签合同的签名系员工本人所签：

1. 直接证据：员工自认或书面确认
   若员工在后续沟通中（如邮件、聊天记录、书面声明）明确承认合同签名系其本人所签，或通过书面形式（如补签确认书）对签名真实性予以确认，该证据可直接证明签名真实性。此类证据效力较高，但需注意保留原始载体（如邮件需保留发件人、收件人信息）。

2. 鉴定意见：笔迹鉴定
   若员工否认签名真实性，公司可委托司法鉴定机构对合同签名进行笔迹鉴定。鉴定机构会通过比对员工历史签名样本（如入职表、工资单、其他合同等）的笔迹特征（如起收笔动作、连笔习惯、字体倾斜度等），出具鉴定意见。若鉴定结果为“同一人书写”，则可作为直接证据。需注意：

   • 样本需为员工同期签名（时间跨度过大可能影响鉴定结果）；
     
   • 鉴定机构需具备司法鉴定资质；
     
   • 鉴定程序需合法（如样本提取需经员工同意或由法院指定）。

3. 间接证据链：合同签订过程证明
   若无法直接证明签名真实性，公司可通过构建证据链间接证明：

   • 签订过程记录：如合同签订现场的监控录像、照片，显示员工在合同上签名的过程；
     
   • 在场人员证言：如HR、同事等目击者证明员工当场签名；
     
   • 合同履行证据：如员工按合同约定履行义务（如领取工资、执行工作任务），可间接证明其认可合同内容及签名。
     需注意：间接证据需形成完整链条，排除合理怀疑（如需证明监控录像未被篡改、证人与公司无利害关系）。

4. 公证或第三方见证
   若合同签订时邀请公证处或第三方机构（如律师事务所）现场见证，并出具公证书或见证文件，可直接证明签名真实性。此类证据效力最高，但需在签订时提前安排。

实务建议：

• 签订合同时，建议要求员工当面签名，并留存身份证复印件、签字过程照片或视频；
  
• 定期要求员工补签确认书（如每年一次），更新签名样本；
  
• 涉及重要合同（如劳动合同、保密协议），可考虑公证或第三方见证。
  

若公司已采取上述措施仍遇争议，建议立即固定证据（如封存合同原件、提取监控录像），并委托律师介入处理。如有具体案件，可直接向我咨询细节。