公司扣除绩效工资是否合法，需视具体情况而定。以下是对此问题的详细分析：

合法情形

1. 制度依据与合同约定

   • 若公司制定了明确的绩效考核制度，且该制度经过了民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）制定，并向劳动者公示或告知，同时劳动合同中也明确约定了绩效工资的发放条件和扣减规则，那么公司在员工绩效不达标时扣减绩效工资通常是合法的。
   • 举例：某公司制定了详细的绩效考核制度，明确规定了每个岗位的绩效标准、考核周期以及扣减绩效工资的具体情形。同时，在劳动合同中也明确约定了绩效工资的发放条件和扣减规则。若员工未达到绩效标准，公司依据这些规定扣减绩效工资，则是合法的。

2. 合理性与公正性

   • 绩效考核过程应公开透明，确保考核结果的客观性和公正性。扣减工资的比例和幅度应合理，避免过度扣减导致劳动者收入过低。
   • 举例：某公司在绩效考核过程中，采用了客观、公正的考核标准，并确保了考核过程的公开透明。同时，公司根据员工的绩效表现，合理扣减了绩效工资，且扣减后的工资不低于当地最低工资标准，这种扣减行为是合法的。

3. 经济损失赔偿

   • 当员工因故意或重大过失给公司造成经济损失时，公司可按照劳动合同约定要求其赔偿。但赔偿的扣除需符合《工资支付暂行规定》，即每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   • 举例：某员工因工作疏忽给公司造成了经济损失，公司依据劳动合同约定要求其赔偿。在赔偿过程中，公司合理扣减了员工的绩效工资，且扣减后的工资不低于当地最低工资标准，这种扣减行为是合法的。

不合法情形

1. 无制度或合同依据

   • 若公司未制定绩效考核制度或未在劳动合同中约定绩效工资的扣减规则，则公司无权擅自扣减劳动者的工资。
   • 举例：某公司未制定明确的绩效考核制度，也未在劳动合同中约定绩效工资的扣减规则。然而，公司却以员工绩效不达标为由扣减了绩效工资，这种扣减行为是不合法的。

2. 考核过程不公正

   • 若绩效考核过程存在主观臆断、暗箱操作等行为，导致考核结果不公正，则公司基于该结果扣减工资的行为可能被视为违法。
   • 举例：某公司在绩效考核过程中，存在主观臆断和暗箱操作的情况，导致考核结果不公正。公司依据这种不公正的考核结果扣减了员工的绩效工资，这种扣减行为是不合法的。

3. 违反法律底线

   • 若扣减后的工资低于当地最低工资标准，或扣减行为违反了其他法律法规的强制性规定，则公司的行为构成违法。
   • 举例：某公司以员工绩效不达标为由扣减了绩效工资，但扣减后的工资低于了当地最低工资标准。这种扣减行为违反了法律法规的强制性规定，因此是不合法的。

员工权益维护途径

1. 与用人单位协商解决：员工首先应与用人单位沟通协商，了解扣减绩效工资的具体原因和依据，并表达自己的意见和诉求。
2. 向劳动行政部门投诉：若协商无果，员工可向当地劳动行政部门投诉，寻求政府部门的帮助和支持。
3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：如问题仍无法解决，员工可向劳动仲裁机构申请仲裁，或在必要时向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自身合法权益。

总结来说，公司扣除绩效工资是否合法，取决于绩效考核制度的合法性、明确性，扣除比例的合理性，以及扣除后工资是否低于最低工资标准等多个因素。员工在遇到扣绩效工资的情况时，应了解自己的权益，并知道如何维护。若您有相关法律问题，可以直接向我咨询。