在确认劳动关系纠纷案件中，被告一般不可以直接追加别的用工单位为被告，但存在特定情形下可申请追加为第三人。以下是对此问题的详细分析：
一、被告追加的常规限制
在确认劳动关系纠纷案件中，被告通常是与劳动者存在直接劳动关系的用人单位。根据民事诉讼法的相关规定，被告的确定主要基于原告的诉讼请求和事实理由，以及法律规定的责任主体。在一般情况下，被告不能随意追加其他与案件无直接法律关系的用工单位作为共同被告。这是因为，每个用工单位与劳动者之间的劳动关系是独立的，除非存在法律上的连带责任或共同侵权等情形，否则不能简单地将其他用工单位追加为被告。
二、特定情形下可申请追加为第三人
虽然被告不能直接追加其他用工单位，但在某些特定情形下，可以申请将其他用工单位追加为第三人。这主要发生在以下几种情况：
关联用工或混同用工：当存在关联企业或混同用工的情形时，即多个用工单位在人员、财务、业务等方面存在高度混同，导致劳动者难以区分其实际用人单位时，劳动者或被告可以申请将相关用工单位追加为第三人，以便查明事实、分清责任。
存在劳务派遣关系：在劳务派遣关系中，如果劳动者与派遣单位签订劳动合同，但被派遣至实际用工单位工作，且发生劳动争议时，实际用工单位可能与案件处理结果有法律上的利害关系。此时，可以申请将实际用工单位追加为第三人，以便全面解决争议。
其他可能影响案件处理的情形：除了上述两种情形外，如果还存在其他可能影响案件处理结果的情形，如用工单位之间存在合作、承包等关系，且这种关系与劳动争议有直接关联时，也可以考虑申请追加相关用工单位为第三人。
三、申请追加的程序和注意事项
如果需要申请追加其他用工单位为第三人，应当遵循以下程序：
在案件审理过程中提出申请：通常需要在案件审理过程中，向法院提交书面申请，说明追加第三人的理由和依据。
提供相关证据：为了支持追加第三人的申请，需要提供相关证据，如用工单位之间的关联关系证明、劳务派遣协议等。
遵守法院的审查和决定：法院会对追加第三人的申请进行审查，并根据案件情况和法律规定作出决定。如果法院决定追加第三人，会通知相关用工单位参加诉讼；如果决定不追加，也会告知申请人理由。
建议：在处理确认劳动关系纠纷案件时，如果涉及多个用工单位或存在复杂的用工关系，建议及时咨询专业律师，以便更准确地把握法律关系和诉讼策略。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。