在非法行医导致患者死亡的情况下，尸体解剖的发起部门通常取决于案件的性质和所处的法律程序阶段，一般由公安机关或司法机关发起。以下是对此问题的详细分析：
一、非法行医案件的性质
非法行医属于刑事犯罪范畴，特别是当非法行医行为导致患者死亡时，该案件将涉及刑事责任的追究。根据《中华人民共和国刑法》第三百三十六条的规定，未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，将面临刑事处罚。若造成就诊人死亡，处十年以上有期徒刑，并处罚金。
二、尸体解剖的发起部门
公安机关：
- 在非法行医导致患者死亡的案件中，公安机关作为刑事侦查机关，有权对尸体进行解剖检验，以查明死因和案件事实。
- 公安机关在接到报案或发现非法行医线索后，会依法展开调查，并根据需要决定是否进行尸体解剖。
司法机关（如检察院、法院）：
- 在某些情况下，司法机关（如检察院在审查起诉阶段或法院在审判阶段）也可能根据案件需要，要求或决定进行尸体解剖。
- 这通常发生在案件存在争议或需要进一步查明死因和案件事实的情况下。
三、尸体解剖的程序和要求
- 尸体解剖应当遵循法定程序，确保解剖过程的合法性和科学性。
- 解剖过程中，应当有专业的法医或病理学家参与，以确保解剖结果的准确性和可靠性。
- 解剖后，应当出具详细的解剖报告，明确死因和案件事实，为后续的刑事诉讼提供证据支持。
四、法律后果与责任追究
- 对于非法行医者，一旦查实其非法行医行为并导致患者死亡，将面临严厉的刑事处罚。
- 同时，非法行医者还可能承担民事赔偿责任，赔偿患者家属因非法行医行为所遭受的损失。
建议：
- 在遇到非法行医导致患者死亡的情况时，家属应及时向公安机关报案，并配合公安机关的调查工作。
- 家属也有权要求公安机关或司法机关进行尸体解剖，以查明死因和案件事实。
- 在整个过程中，家属可以寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。
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