合同诈骗罪案件中，能否另案主张违约金损失需分情况讨论，结论如下：

1. 合同整体无效时，违约金条款通常无效

根据《民法典》第154条、第157条，若合同因诈骗被认定整体无效（如存在欺诈、损害国家利益等情形），则合同中的违约金条款亦无效。此时，受害方无法主张违约金，但可要求返还财产或折价补偿，并主张因合同无效导致的实际损失赔偿（如交易成本、利息损失等）。

举例：甲以虚假身份与乙签订买卖合同，骗取货款后逃匿。合同被认定无效后，乙无法主张合同约定的违约金，但可要求甲返还货款及赔偿银行利息损失。

2. 合同部分无效时，违约金条款可能独立有效

若合同部分条款因诈骗无效，但其他部分（如违约金条款）具有独立性，不依赖于无效部分，则可能支持违约金主张。根据《民法典》第156条，民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。

关键点：

• 违约金条款需明确独立于无效条款（如合同主给付义务与违约金约定无必然关联）；
• 需证明违约行为与诈骗行为无直接因果关系（如诈骗导致合同无法履行，但违约金针对的是其他违约情形）。

举例：甲与乙签订合同，约定甲逾期交货需支付违约金，同时甲虚构资质骗取乙预付款。若合同中“逾期交货违约金”条款与诈骗行为无关，乙可能主张该违约金。

3. 刑事追赃与民事赔偿的衔接

在合同诈骗罪中，刑事追赃退赔是首要救济途径。若刑事程序无法弥补全部损失，受害方可另行提起民事诉讼，但需注意：

• 赔偿范围：民事诉讼可主张实际损失（如差价损失、可得利益损失），但违约金需以合同有效为前提；
• 程序选择：若刑事判决已明确退赔金额，民事诉讼需扣除已退赔部分，避免重复获赔。

法律依据：

• 《刑事诉讼法》第101条：被害人因被告人的犯罪行为而遭受物质损失的，有权提起附带民事诉讼；
• 《民法典》第584条：违约方造成对方损失的，损失赔偿额应相当于因违约所造成的损失。

4. 实务建议

• 固定证据：保留合同原件、付款凭证、沟通记录等，证明违约行为与诈骗行为的关联性；
• 区分请求权基础：若合同无效，以“缔约过失责任”主张损失；若合同有效，以“违约责任”主张违约金；
• 同步推进程序：在刑事诉讼中申请附带民事诉讼，或刑事判决后另行起诉，提高救济效率。

总结：合同诈骗罪中能否主张违约金，需结合合同效力、违约金条款独立性及损失因果关系综合判断。建议受害方及时咨询律师，制定刑事追赃与民事索赔的并行策略，最大限度维护权益。如有具体案情，可进一步向我提供细节，我将为您定制法律方案。