乙方拖欠工资，一般不可以直接申请甲方的工程款。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律关系角度
在工程合同中，甲方通常是发包方，乙方是承包方或施工方。甲方与乙方之间存在的是工程承包合同关系，而乙方与其员工之间则是劳动合同关系。这两种法律关系是独立的，乙方拖欠员工工资，是乙方违反了与员工之间的劳动合同，与甲方和乙方之间的工程合同无关。因此，员工不能直接基于乙方的违约行为，去申请甲方的工程款。
二、权利主张角度
如果乙方拖欠工资，员工应当向乙方主张权利，要求乙方支付拖欠的工资。员工可以通过与乙方协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等方式来维护自己的合法权益。而甲方作为工程发包方，其义务是按照工程合同的约定向乙方支付工程款，并没有直接向员工支付工资的义务。
三、特殊情况分析
虽然一般情况下员工不能直接申请甲方的工程款，但在某些特殊情况下，员工可能间接地与甲方的工程款产生关联。例如：
如果甲方存在过错：如甲方未按照合同约定支付工程款，导致乙方无法按时支付员工工资，且甲方对此存在过错（如恶意拖欠工程款），那么员工在维权时，可能会将甲方列为共同被告或第三人，要求甲方在欠付工程款范围内承担责任。但这种情况需要具体的证据支持，且并非直接申请甲方的工程款。
如果存在代位权行使的情况：在民法上，有一种制度叫做“债权人的代位权”。如果乙方的债权（如对甲方的工程款债权）到期未受清偿，且乙方怠于行使该债权，对员工造成损害，那么员工在一定条件下可以代位行使乙方的债权，即向甲方主张工程款。但这种情况同样需要满足严格的法律条件，且并非直接、简单地申请工程款。
四、建议与措施
与乙方协商：首先尝试与乙方进行友好协商，要求其支付拖欠的工资。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并督促乙方支付工资。
申请劳动仲裁：如果投诉未果，可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求乙方支付拖欠的工资及可能的赔偿金。
提起诉讼：如果对劳动仲裁结果不满，还可以向法院提起诉讼，通过司法程序来维护自己的合法权益。
总结来看，乙方拖欠工资时，员工不能直接申请甲方的工程款。员工应当基于与乙方之间的劳动合同关系，通过合法的途径来维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。