抚养费立案后是否会根据非婚生子抚养协议来判，需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：

一、非婚生子抚养协议的法律效力

非婚生子抚养协议，若系双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则该协议具有法律效力。在抚养费纠纷中，法院会参考该协议的内容，但并非绝对依据。因为法院在判决时，还会综合考虑子女的实际需要、父母的负担能力以及当地的实际生活水平等因素。

二、法院判决抚养费的主要依据

1. 子女的实际需要：法院会考虑子女的年龄、健康状况、教育需求等因素，确定子女所需的抚养费数额。
2. 父母的负担能力：法院会评估父母的经济状况，包括收入、财产等，以确定父母能够承担的抚养费数额。
3. 当地的实际生活水平：法院会参考当地的生活消费水平，确保判决的抚养费数额能够满足子女在当地的基本生活需求。

三、非婚生子抚养协议与法院判决的关系

• 若协议内容合理且符合法律规定：法院在判决时，可能会采纳协议中的部分或全部内容，作为判决的依据之一。但法院仍有权根据实际情况进行调整。
• 若协议内容不合理或违反法律规定：法院有权不予采纳协议内容，而是根据法律规定和实际情况，独立作出判决。例如，若协议中约定的抚养费数额过低，无法满足子女的实际需要，法院可能会提高抚养费数额。

四、特殊情况下的处理

• 若一方不履行抚养协议：另一方可以依据协议向法院提起诉讼，要求对方履行抚养义务。法院在审理此类案件时，会首先审查协议的合法性和有效性。若协议合法有效，法院会支持另一方的诉讼请求。
• 若协议内容发生变更：如因子女成长需要、父母经济状况变化等原因，导致原协议内容不再适用，双方可以协商变更协议内容。若协商不成，可以向法院提起诉讼，请求法院根据实际情况作出判决。

五、建议与提醒

1. 在签订非婚生子抚养协议时：建议双方充分沟通、协商，确保协议内容合理、合法，并明确约定违约责任和争议解决方式。
2. 在抚养费纠纷发生时：建议双方首先尝试通过协商、调解等方式解决争议。若协商、调解不成，可以向法院提起诉讼，请求法院依法判决。
3. 在诉讼过程中：建议双方积极配合法院的调查和审理工作，提供真实、完整的证据材料，以便法院能够全面、客观地了解案件情况，作出公正的判决。

最后需要提醒的是，每个案件的具体情况都有所不同，法院在判决时会综合考虑多种因素。因此，在处理抚养费纠纷时，建议您根据实际情况咨询专业律师（即我本人），以便获得更具体、更准确的法律建议。