被告可以从以下几个方面进行反驳：
证据缺失的直接反驳：
- 被告可以直接指出原告在提交的证据清单中列明了保证担保承诺书，但在实际提交的证据材料中并未包含该文件。这构成了证据提交的瑕疵，被告可以据此质疑原告证据的完整性和真实性。
- 被告可以要求法庭责令原告补充提交该保证担保承诺书，或者如果原告无法提供，则请求法庭不予采信该证据清单中提及但未实际提交的证据。
对证据效力的质疑：
- 即便原告后续补充提交了保证担保承诺书，被告也有权对该证据的效力提出质疑。例如，被告可以主张该承诺书并非其真实意思表示，存在欺诈、胁迫或重大误解等情形，从而请求法庭认定该承诺书无效。
- 被告还可以检查承诺书的签署程序是否合法，如是否由具有完全民事行为能力的主体签署，是否违反了法律法规的强制性规定等。
对原告主张的事实进行反驳：
- 被告可以针对原告基于保证担保承诺书所主张的事实进行反驳。例如，原告可能主张被告应承担某种保证责任，但被告可以提出反证，证明自己并未作出这样的承诺，或者即使作出了承诺，也因某种原因（如主合同无效、保证期间已过等）而无需承担保证责任。
- 被告还可以通过提供其他证据来削弱原告主张的事实基础，如提供与原告主张相矛盾的书面证据、证人证言等。
法律程序上的反驳：
- 被告可以检查原告在提交证据过程中是否存在违反法律程序的行为。例如，原告是否在规定的举证期限内提交了证据，是否按照法庭的要求进行了证据交换和质证等。
- 如果原告在法律程序上存在瑕疵，被告可以请求法庭对原告的证据不予采信，或者要求法庭给予被告更多的时间来准备反驳证据。
在反驳过程中，被告需要注意以下几点：
- 及时提出异议：一旦发现原告提交的证据清单中存在未实际提交的证据，被告应及时向法庭提出异议，避免在后续程序中因未及时提出而丧失反驳的机会。
- 充分准备反驳证据：被告在反驳过程中应充分准备反驳证据，以支持自己的主张。这些证据可以是书面证据、证人证言、鉴定意见等。
- 遵守法庭程序：被告在反驳过程中应遵守法庭程序，尊重法庭的权威和判决。如果被告对法庭的判决有异议，可以通过合法的途径进行上诉或申诉。
最后，建议被告在反驳过程中保持冷静和理性，避免情绪化的表达和行为。同时，被告也可以考虑寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己的合法权益。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。