结论前置：发包人与承包人存在直系亲属关系虽可能违反相关管理性规定，但业务合法的前提下，尾款支付需结合合同约定、实际履行情况及法律规定综合判断，具体处理方式如下：

1. 合同效力与亲属关系的法律影响

• 合同效力认定：根据《民法典》第143条，民事法律行为有效的条件包括行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或公序良俗。直系亲属关系本身不直接导致合同无效，但若存在“利用亲属关系规避招标、虚假交易”等情形，可能因违反《招标投标法》第4条（公开、公平、公正原则）或《政府采购法》第22条（供应商资格条件）被认定为无效。
• 例外情形：若合同内容合法（如工程质量、价款等条款无瑕疵），且亲属关系未影响合同实质履行（如实际施工符合标准），合同仍可能被认定为有效。

2. 尾款支付的核心依据：合同约定与实际履行

• 合同约定优先：若合同明确约定了尾款支付条件（如验收合格、结算完成等），且承包人已履行全部义务，发包人应按约定支付尾款。亲属关系不构成拒绝支付的合法理由。
• 实际履行情况：若承包人存在未完工、质量不合格等违约行为，发包人可依据《民法典》第577条（违约责任）主张减少价款或拒绝支付尾款，但需提供证据（如验收报告、整改通知等）。

3. 亲属关系可能引发的合规风险及应对

• 行政责任风险：若发包人（如国企、政府单位）未通过公开招标程序直接与亲属承包人签约，可能违反《招标投标法实施条例》第34条（禁止与投标人有利害关系的人参与评标），面临行政处罚（如罚款、项目废标）。
• 民事风险防范：建议双方补充签署《利益冲突声明》，明确交易公平性；或通过第三方机构对工程价款进行审计，避免被认定为“利益输送”。

4. 尾款支付的具体操作建议

• 协商解决：双方可签署补充协议，明确尾款金额、支付时间及违约责任，并留存书面证据（如邮件、聊天记录）。
• 法律程序：若协商无果，承包人可依据《民事诉讼法》第122条向法院起诉，要求发包人支付尾款及利息（LPR计算）；发包人可反诉主张合同无效或减少价款。
• 证据固定：承包人需提供合同、验收单、发票等证据；发包人需提供亲属关系证明、违规操作证据（如未招标记录）等。

风险提示：若发包人利用亲属关系逃避监管（如虚增工程量、套取资金），可能涉嫌刑事犯罪（如贪污罪、受贿罪），需立即终止交易并向纪检监察机关举报。

行动建议：建议双方委托律师对合同效力、履行情况进行全面审查，并依据审查结果协商或诉讼解决。如有进一步问题，可直接向我咨询。