行政诉讼被告重复损害原告的合法权益，应按照其实际损害程度进行赔偿，赔偿方式包括支付赔偿金、返还财产、恢复原状及消除影响、恢复名誉等。

一. 分析重复损害的法律责任

在行政诉讼中，若被告（行政机关）被确认其行政行为违法，且该违法行为重复损害了原告的合法权益，根据《中华人民共和国国家赔偿法》第四条，行政机关及其工作人员在行使行政职权时侵犯原告财产权的，原告有取得赔偿的权利。这里的“侵犯财产权”显然包括了重复损害的情形。

二. 确定赔偿范围与方式

1. 赔偿范围

   • 根据《国家赔偿法》第四条，赔偿范围包括违法实施罚款、吊销许可证和执照、责令停产停业、没收财物等行政处罚；违法对财产采取查封、扣押、冻结等行政强制措施；违法征收、征用财产；以及造成财产损害的其他违法行为。若被告的重复损害行为属于上述情形之一，则应纳入赔偿范围。

2. 赔偿方式

   • 支付赔偿金：这是最常见的赔偿方式，根据受害人的实际损失计算出应赔偿的金额，以货币形式支付给受害人。
   • 返还财产：对于行政机关违法征收、征用财产等情形，应将被违法征收、征用的财产返还给受害人。
   • 恢复原状：当行政行为对受害人的财产造成损害，但能够通过修复等方式恢复到原有状态时，采取恢复原状的赔偿方式。
   • 消除影响、恢复名誉：如果行政行为对受害人的名誉等造成损害，采取相应措施消除不良影响，恢复受害人的名誉。

三. 赔偿程序

1. 先行处理程序

   • 根据《国家赔偿法》第九条，赔偿请求人要求赔偿，应当先向赔偿义务机关提出，也可以在申请行政复议或提起行政诉讼时一并提出。赔偿义务机关应当自收到申请之日起两个月内作出是否赔偿的决定。

2. 行政复议或行政诉讼

   • 若赔偿请求人对赔偿义务机关的决定不服，可以向其上一级行政机关申请行政复议，或向人民法院提起行政诉讼。

3. 赔偿决定与执行

   • 复议机关或人民法院经审理后，将作出赔偿决定。赔偿义务机关应当按照赔偿决定履行赔偿义务。若赔偿义务机关拒绝履行或未在规定期限内履行，赔偿请求人可以向人民法院申请强制执行。

四. 注意事项

1. 证据收集

   • 原告在提起赔偿请求时，应充分收集证据以证明被告的重复损害行为及其造成的实际损失。

2. 赔偿标准

   • 赔偿金的计算标准根据《国家赔偿法》第三十六条确定，具体数额应结合受害人的实际损失、被告的过错程度及当地经济发展水平等因素综合考量。

我建议原告在遭遇行政机关重复损害其合法权益时，应及时通过法律途径维护自身权益，并密切关注赔偿程序的进展。如有进一步需要，您可以继续咨询我。