结论：在借条未约定还款日期但已支付几个月利息，对方却称是本金的情况下，诉讼时效的计算需分情况讨论，一般从债权人要求债务人履行义务的宽限期届满之日起算，或债务人明确表示不履行义务之日起算。
诉讼时效的起算点
宽限期届满之日：
- 根据法律规定，借款未约定还款时间，诉讼时效从债权人要求债务人履行义务的宽限期届满之日起计算。这意味着，作为债权人，你可以随时要求债务人还款，但需要给对方一个合理的准备时间。若宽限期届满后，债务人仍未还款，则你的权利受到侵害，诉讼时效自此起算，一般为三年。
债务人明确表示不履行之日：
- 若债务人在你第一次向其主张权利时明确表示不履行义务，那么诉讼时效从债务人明确表示不履行义务之日起计算。这种情况下，不需要等待宽限期届满。
利息与本金的认定
- 关于对方称已支付的款项是本金而非利息的问题，这并不影响诉讼时效的计算。但你需要保留好相关证据，如转账记录、聊天记录等，以证明对方确实支付了利息，而非本金。若无法证明，可能在后续的法律纠纷中处于不利地位。
诉讼时效的中断与重新计算
- 在诉讼时效期间内，若你有向债务人主张权利等导致诉讼时效中断的情形，诉讼时效会从中断时起重新计算。例如，你通过书面或口头形式向债务人主张还款，且债务人承认了债务，那么诉讼时效会从你主张权利之日起重新计算三年。
法律建议
保留证据：
- 确保保留好所有与借款相关的证据，包括借条、转账记录、聊天记录等。这些证据在后续的法律纠纷中至关重要。
及时主张权利：
- 不要拖延主张权利的时间。一旦发现债务人可能无法按时还款，应及时与其沟通并主张权利。若沟通无果，可考虑通过法律途径解决。
咨询专业律师：
- 虽然我作为王志伟律师已经给出了专业的法律建议，但每个案件的具体情况都有所不同。若你在处理此类纠纷时遇到困难或不确定如何操作，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律指导。
可能的法律后果
- 若超过诉讼时效期间未主张权利，你可能会丧失胜诉权。这意味着，即使你最终通过法律途径提起诉讼，法院也可能因诉讼时效已过而驳回你的诉讼请求。因此，务必重视诉讼时效的问题，及时主张权利。