核心结论：租车合同中明确司机费用后，开票方式需根据费用性质及税务规定来确定，一般可按以下方式处理。

1. 若司机费用被明确为租车服务的一部分：

   • 在这种情况下，司机费用通常被视为租车服务费用的组成部分，租车公司应按照提供交通运输服务来开具发票。
   • 发票上应注明为“租车服务费”或类似项目，并包含司机费用在内的总金额。
   • 租车公司需确保其具备提供此类服务的资质，并按照相关税法规定缴纳税款。

2. 若司机费用被单独列出且明确为劳务费用：

   • 如果租车合同中明确将司机费用列为单独的劳务费用，那么这部分费用应由提供劳务的司机或司机所属的劳务公司来开具发票。
   • 发票上应注明为“劳务费”或“司机劳务费”等具体项目。
   • 提供劳务的一方需确保其具备提供劳务的资质，并按照个人所得税法等相关税法规定缴纳税款。

3. 开票时的注意事项：

   • 无论是租车公司还是提供劳务的一方，在开具发票时都应确保发票的真实性、合法性和有效性。
   • 发票上应准确填写购买方和销售方的名称、纳税人识别号、地址、电话等信息。
   • 发票的开具应符合税法规定，不得虚开、伪造或变造发票。

4. 税务合规建议：

   • 在签订租车合同时，双方应明确司机费用的性质和开票方式，以避免后续产生税务纠纷。
   • 如果对税务处理存在疑问，建议咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保税务合规。

在处理租车合同中司机费用的开票问题时，务必根据费用性质和税务规定来操作，以确保合同的合法性和税务的合规性。如果有任何法律疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。