结论前置：在公司只有两个股东的情况下，不存在绝对的“谁说了算”，决策需基于公司章程、法律规定及双方协商来确定。
一、决策机制的基础
股东会决策：
- 对于修改公司章程、增减注册资本、公司合并、分立、解散等重大决策，通常需要经代表三分之二以上表决权的股东通过。若两个股东各占50%股权，则这些决策需双方协商一致。
- 对于其他普通事项的决议，一般由公司章程规定，通常是过半数表决权通过。在此情况下，双方也需协商达成一致意见。
董事会决策（如有设立）：
- 董事会的决策基于一人一票的原则，由全体董事过半数通过。如果双方在董事会中的席位不同或有外部董事参与，董事会的决策将受多种因素影响，不完全取决于股权比例。
二、实际运营中的影响力
- 股权比例与决策权：虽然股权比例是决定决策权的重要因素，但在实际运营中，股东的个人能力、资源、经验等也会对决策产生影响。例如，一方股东可能在技术、市场或管理方面具有更强的能力，从而在公司事务中发挥更主导的作用。
- 公司章程的约定：公司章程可以约定特殊的决策机制，如某一股东在特定情况下拥有额外决策权或一票否决权。这样的约定将改变默认的决策规则，使某一股东在特定事项上具有相对控股的地位。
三、争议解决与僵局处理
- 协商与调解：在出现分歧时，双方应首先通过协商、谈判等方式解决。如果协商无果，可以寻求第三方调解机构的帮助，如行业协会、商会或专业调解机构。
- 法律途径：若协商和调解均无法解决争议，可能需要通过诉讼等法律途径来解决。在极端情况下，法院可能会认定公司已陷入僵局状态，并依法判决公司解散。
- 预防机制：为避免僵局，建议在公司章程或股东协议中提前约定好决策机制，如引入第三方的调解或仲裁机制，或对特定事项约定特殊的表决权分配方式。
四、建议与总结
- 建立良好的沟通机制：两个股东之间应建立定期的沟通机制，及时交流公司运营情况、市场动态和战略规划，确保双方对公司事务有充分的了解和共识。
- 尊重对方意见和权益：在决策过程中，双方应充分尊重对方的意见和权益，避免单方面强行推进决策。通过协商和妥协，达成双方都能接受的决策方案。
- 共同推动公司发展：作为公司的股东，双方应共同关注公司的发展，积极投入资源和精力，推动公司实现战略目标。
- 完善公司章程和股东协议：在制定公司章程和股东协议时，应充分考虑决策机制的合理性与灵活性。可以约定特殊的决策规则、争议解决方式和僵局处理机制，以确保公司决策的高效性和稳定性。
总结：在公司只有两个股东的情况下，决策需要双方共同协商和同意。通过合理的决策机制、良好的沟通与合作关系以及有效的争议解决方式，可以确保公司的稳定运营和持续发展。如果您在公司事务或股权转让方面有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。