结论前置：单位以员工未休年休假为由不发奖金是否合法，需根据公司的规章制度及劳动合同的具体内容来判断。若规章制度或劳动合同中明确规定且合法，则可能合法；若无相关规定或规定违法，则不合法。
合法情形分析
规章制度与劳动合同的明确规定：
- 如果用人单位依法制定的规章制度或与劳动者签订的劳动合同中明确规定，奖金（如全勤奖）的发放是基于员工在一个考勤周期内无迟到、早退、旷工、请假（包括年休假）等情形，并且该规章制度的制定程序合法（即经过民主程序制定，并已向劳动者公示），同时内容不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位以员工休年假为由不发奖金，通常是合法的。
- 在这种情况下，公司按照既定规则不发放奖金是在行使其自主管理权，员工休年假即视为不符合奖金发放的条件。
奖金性质的考量：
- 如果奖金并非基于出勤情况发放，而是基于工作绩效、项目完成情况等其他标准，那么员工休年休假不应影响奖金的发放。因为年休假是劳动者依法享有的法定假期，员工在年休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入及福利待遇。
不合法情形分析
无相关规定或规定不明确：
- 如果用人单位没有在规章制度或劳动合同中对奖金的发放条件作出明确规定，或者虽有规定但未明确将年休假纳入影响奖金发放的情形，那么员工依法休年休假不应影响奖金的发放。
- 在这种情况下，公司以员工休年休假为由不发奖金，可能构成对劳动者合法权益的侵犯。
规定违法：
- 即使公司有相关规定，但如果该规定违反了法律法规的强制性规定，如排除了员工享受法定年休假的权利，或者变相降低了员工在年休假期间应得的待遇，这种规定也是无效的。
- 公司不能以此为由不发奖金，否则将构成对劳动者合法权益的侵犯，员工有权通过法律途径维护自己的权益。
劳动者权益保护建议
- 协商沟通：如果劳动者认为用人单位不发奖金的行为侵犯了自己的合法权益，可以首先尝试与用人单位进行协商沟通，要求其说明理由并按照规定支付奖金。
- 投诉举报：如果协商不成，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉举报，请求其介入调查并处理。
- 劳动仲裁或诉讼：如果投诉举报未能解决问题，劳动者还可以申请劳动仲裁或提起诉讼来进一步维护自己的权益。在劳动仲裁或诉讼过程中，劳动者需要提供充分的证据来证明自己的主张，并依据相关法律法规进行申诉。
总结：单位以员工未休年休假为由不发奖金是否合法，取决于公司的规章制度及劳动合同的具体内容。劳动者在遇到此类问题时，应了解自己的权益和相关的法律法规，并采取适当的措施来维护自己的合法权益。如果您有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。