针对您提出的“补充条款注明甲方盖章生效，只有甲方盖章可以吗”这一问题，我们可以从法律的角度进行详细分析。

首先，我们要明确的是，合同（包括补充条款）的成立通常需要双方当事人的共同参与和确认。在一般的合同实践中，无论是主合同还是补充条款，都需要合同双方（即甲方和乙方）的签字或盖章来确认其法律效力。这是基于合同法的平等、自愿和公平原则，确保合同内容是双方真实意思的表示，并且双方都愿意受其约束。

现在，针对您提到的具体情况——补充条款注明“甲方盖章生效”，这一表述可能存在一定的误导性。从字面上看，它似乎暗示了只要甲方盖章，补充条款就生效了。然而，在法律上，这种单方面的“生效”条件通常是不被认可的。因为合同的成立和生效需要双方当事人的合意，即双方都需要对合同内容表示认可并愿意承担相应的法律责任。

如果补充条款中确实有这样的表述，并且双方在实际操作中只由甲方进行了盖章，而乙方没有签字或盖章，那么从法律的角度来看，这份补充条款是无效的。因为乙方没有通过签字或盖章的方式表达其对补充条款内容的认可和接受，所以该条款不能对乙方产生法律约束力。

为了避免类似的法律风险，建议在制定和签署补充条款时，明确要求双方都进行签字或盖章确认。这样可以确保补充条款的法律效力得到双方的认可，从而避免因单方面盖章而导致的合同无效问题。

综上所述，只有甲方盖章的补充条款在法律上是无效的。为了确保合同的合法性和有效性，建议双方都进行签字或盖章确认。