在招标过程中，如果有公司报价超过上限金额，确实可能会导致流标，但具体是否流标还需根据招标文件的规定以及实际情况来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
招标文件的规定：
- 招标文件是招标活动的法律依据，其中会明确规定投标报价的范围，包括上限金额。如果投标人的报价超过了这一上限，根据招标文件的约定，该投标可能会被视为无效投标。
- 若招标文件明确规定，任何超过上限金额的报价都将导致流标，那么在这种情况下，一旦有公司报价超限，招标活动确实会流标。
实际评标情况：
- 即使招标文件规定了报价上限，但在实际评标过程中，招标人或评标委员会也可能根据具体情况做出灵活处理。例如，如果所有投标人的报价都普遍偏高，且均超过了上限金额，但差距不大，招标人可能会考虑调整上限金额或重新招标，而不是直接流标。
- 另外，如果只有个别投标人的报价超限，而其他投标人的报价均在合理范围内，招标人可能会选择排除超限报价，继续对其他有效投标进行评审，而不一定会导致整个招标活动流标。
法律后果与建议：
- 从法律角度来看，如果招标文件明确规定了报价上限，并且投标人违反了这一规定，那么该投标人的投标将被视为无效。这可能会导致招标人需要重新组织招标活动，从而增加时间成本和经济成本。
- 对于投标人而言，在参与招标活动前，应仔细阅读招标文件，了解报价范围和其他相关要求，确保自己的投标符合规定。如果发现自己的报价可能超限，应及时与招标人沟通，寻求解决方案。
- 对于招标人而言，在制定招标文件时，应明确报价范围和其他相关要求，并在评标过程中严格按照招标文件的规定进行评审。如果发现投标人的报价超限，应根据实际情况做出合理处理，避免不必要的法律纠纷和经济损失。
总结来看，虽然报价超过上限金额可能会导致流标，但具体是否流标还需根据招标文件的规定以及实际情况来判断。在实际操作中，招标人和投标人都应严格遵守招标文件的规定，确保招标活动的顺利进行。如果您在建设工程招标领域遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。