结论：在货物买卖合同的招投标过程中，三家报价中有两家超过控制价，并不直接等同于废标，是否废标需依据具体的招标文件规定以及相关法律法规来判断。

分析说明：

1. 招标文件的规定：

   • 招标文件是招投标活动的核心依据，其中会明确规定废标的条件和情形。如果招标文件中明确规定了“报价超过控制价即为废标”，那么在这种情况下，两家报价超过控制价，确实可能导致废标。
   • 但如果招标文件没有这样的明确规定，或者规定得相对模糊，那么就不能简单地因为两家报价超过控制价就判定为废标。

2. 相关法律法规：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》及其相关规定，废标通常指的是在招投标过程中，因出现法定情形或招标文件规定的情形，导致招标活动无法继续进行或需要重新进行的情况。
   • 报价超过控制价并不直接属于法定废标的情形，除非招标文件中有特别规定。因此，在判断是否废标时，应首先参考招标文件的规定。

3. 实际操作中的考量：

   • 即使两家报价超过控制价，招标人也可以根据实际情况，如其他报价的合理性、市场行情等，来决定是否继续招标或采取其他措施。
   • 如果招标人认为其他报价仍然具有竞争性，且符合招标要求，那么可以选择不废标，而是继续评标或进行澄清、谈判等程序。

法律建议：

• 对于招标人：在编制招标文件时，应明确规定废标的条件和情形，包括报价超过控制价的处理方式。这样可以在招投标过程中有明确的依据，避免争议和纠纷。
• 对于投标人：在参与招投标活动时，应仔细阅读招标文件，了解废标的条件和情形。如果自己的报价可能超过控制价，应提前与招标人沟通或考虑调整报价策略。
• 如果发生争议：如果因报价超过控制价而引发争议，双方应首先依据招标文件和相关法律法规进行协商。如果协商不成，可以寻求法律途径解决，如向相关部门投诉或提起诉讼。

后续行动建议：

• 如果你作为招标人或投标人遇到了这样的问题，建议首先查阅招标文件和相关法律法规，了解具体的规定和要求。
• 如果仍然无法解决问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议和解决方案。