实际经营者可以通过诉讼确认自己身份的方式为：在涉及个体工商户的诉讼中，将登记的经营者和自己（实际经营者）列为共同诉讼人，通过诉讼程序来确认自己的实际经营者身份及相应的法律责任。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律依据与诉讼原则
根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第五十九条的规定，在诉讼中，个体工商户以营业执照上登记的经营者为当事人。有字号的，以营业执照上登记的字号为当事人，但应同时注明该字号经营者的基本信息。若营业执照上登记的经营者与实际经营者不一致，则以登记的经营者和实际经营者为共同诉讼人。这一规定明确了在登记经营者与实际经营者不一致的情况下，两者应共同作为诉讼当事人的原则。
二、实际经营者确认身份的诉讼策略
作为共同诉讼人参与诉讼：
- 在涉及个体工商户的诉讼中，无论债务是基于经营活动产生还是特定合同关系，只要存在登记经营者和实际经营者不一致的情况，实际经营者都可以与登记经营者一起作为共同诉讼人参与诉讼。
- 通过参与诉讼，实际经营者可以提交相关证据，如经营合同、财务记录、员工证言等，以证明自己的实际经营者身份。
主动提起确认之诉：
- 如果实际经营者希望主动确认自己的身份，可以在特定情境下（如涉及个体工商户的权益纠纷、债务承担等）向法院提起确认之诉。
- 在确认之诉中，实际经营者需要提交充分的证据来证明自己的实际经营者身份，以及登记经营者与实际经营者之间的不一致性。
三、责任承担与内部约定
责任承担：
- 根据法律规定，登记的经营者和实际经营者需共同承担法律责任。法院可能判决两者共同承担债务，或判决实际经营者承担债务，登记经营者承担连带责任。
- 具体的责任划分需根据案件事实和证据来确定，如实际经营者的经营行为是否得到登记经营者的授权或同意，以及登记经营者对实际经营者的经营行为是否知情且有过错等。
内部约定：
- 登记经营者与实际经营者之间的内部约定不能对抗外部债权人。即使存在内部协议，约定由一方承担全部责任，也不影响他们对外部债权人承担的责任。
- 登记经营者在承担责任后，可依据内部协议向实际经营者追偿。但这一内部追偿关系并不影响外部债权人对登记经营者和实际经营者的共同追偿权。
四、实际操作与注意事项
收集证据：
- 实际经营者在诉讼过程中应积极收集证据，如经营合同、财务记录、员工证言、客户反馈等，以证明自己的实际经营者身份和经营行为。
- 证据应真实、合法、有效，能够形成完整的证据链，以支持自己的主张。
明确诉讼请求：
- 在提起诉讼或参与诉讼时，实际经营者应明确自己的诉讼请求，如确认实际经营者身份、要求登记经营者与实际经营者共同承担责任等。
- 诉讼请求应具体、明确，符合法律规定和诉讼程序的要求。
遵守诉讼程序：
- 实际经营者应遵守诉讼程序的规定，如按时提交证据、参加庭审、履行判决等。
- 在诉讼过程中，实际经营者应积极配合法院的工作，尊重法院的判决和裁定。
五、案例分析
假设张三注册了一家名为“美味小吃店”的个体工商户，但实际由李四经营。后来，“美味小吃店”因食品质量问题导致顾客王五身体不适，王五决定提起诉讼。在这个案例中：
- 诉讼当事人：王五可以将张三（登记的经营者）和李四（实际经营者）列为共同被告。
- 证据提交：李四可以提交与“美味小吃店”相关的经营合同、财务记录、员工证言等证据，以证明自己的实际经营者身份。
- 责任承担：法院可能判决张三和李四共同承担对王五的赔偿责任，或判决李四承担主要责任，张三承担连带责任。具体的责任划分需根据案件事实和证据来确定。
温馨提示：在实际操作中，实际经营者应咨询专业律师，以确保自己的合法权益得到充分保障。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。