违法建筑工程款折价的核心结论是：需根据违法建筑的具体情形、法律后果及实际损失，结合行政处罚、民事赔偿及司法实践中的折价原则进行综合处理。以下从不同角度展开分析：

1. 违法建筑的认定与法律后果

• 违法建筑的定义：根据《城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或未按照许可证内容建设的建筑，属于违法建筑。行政机关可责令停止建设、限期改正（补办手续）、罚款或限期拆除。
• 折价的前提：若建筑被认定为“尚可采取改正措施消除对规划实施的影响”，需补办手续并缴纳罚款后，方可折价计算工程款；若被认定为“无法采取改正措施”，则可能面临拆除，工程款折价需以拆除后的残值或实际投入为限。

2. 工程款折价的法律依据与原则

• 行政处罚与民事赔偿的区分：
  • 行政处罚：针对违法建设行为，由行政机关作出罚款、拆除等决定，与工程款折价无直接关联，但可能影响建筑合法性，进而影响折价标准。
  • 民事赔偿：若违法建筑因合同无效（如未取得施工许可证）导致工程款纠纷，需根据《民法典》第一百五十七条，按过错比例分担损失。承包人可主张实际投入的材料、人工等成本，但需扣除因违法建设导致的增值部分。
• 折价原则：
  • 实际成本法：以承包人实际投入的合法成本（如材料费、人工费）为基数，扣除因违法建设导致的超额利润或不合理支出。
  • 市场比较法：参考同类合法建筑的市场价值，结合违法建筑的用途、位置、结构等因素，按比例折价。
  • 残值评估法：若建筑面临拆除，以拆除后的残值（如可回收材料价值）作为折价依据。

3. 司法实践中的折价处理

• 合同无效后的处理：根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二十四条，建设工程施工合同无效，但工程经验收合格的，可参照合同约定折价补偿承包人。若工程未验收，需通过鉴定确定质量合格后，方可折价。
• 行政干预的影响：若行政机关已作出拆除决定，法院可能认定建筑无合法价值，仅支持承包人主张实际投入的合理成本，而非市场价值。
• 过错分担：若发包人明知或应知建筑违法仍发包，需承担主要过错；承包人未尽审查义务的，亦需分担部分损失。

4. 操作建议

• 证据固定：承包人应保留施工合同、付款凭证、材料采购单、人工记录等证据，以证明实际投入成本。
• 行政程序参与：在行政机关作出处罚决定前，可提出陈述、申辩，争取补办手续或减轻处罚，为工程款折价创造条件。
• 司法救济途径：若对行政处罚或工程款折价有异议，可通过行政复议、行政诉讼或民事诉讼主张权利。

如有具体案件或合同条款需分析，可直接提供细节，我将进一步结合法律与实务给出针对性建议。