结论：掩饰隐瞒犯罪所得的车辆被公安机关扣押后，是否归还取决于案件的具体情况、车辆的性质以及法律程序的处理结果。

分析：

1. 车辆作为犯罪工具的性质：

   • 若车辆被明确认定为犯罪工具，即用于实施犯罪行为（如运输赃物、作为犯罪活动的交通工具等），则根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，包括用于犯罪的工具，应当予以没收。在此情况下，车辆通常不会被归还。

2. 车辆的所有权与合法性：

   • 如果车辆本身并非犯罪工具，而是被犯罪分子非法获取或使用（如盗窃、抢劫所得），且车主对犯罪行为并不知情，也无过错，那么在案件侦破后，车辆应当返还给合法车主。但这一过程需要经过法律程序，包括公安机关的调查、法院的判决等。

3. 法律程序与证据收集：

   • 公安机关在扣押车辆后，会进行详细的调查取证工作，以确定车辆与犯罪行为的关联性。这一过程中，车主可能需要配合提供相关证据，如购车发票、行驶证等，以证明车辆的合法来源和所有权。
   • 如果车主能够提供充分证据证明自己对犯罪行为并不知情，且车辆并非用于犯罪，那么在法律程序结束后，车辆有可能被归还。

4. 车主的责任与过错：

   • 如果车主在明知车辆可能被用于犯罪活动的情况下，仍然将车辆借出或提供给犯罪分子使用，那么车主可能需要承担相应的法律责任。在此情况下，车辆被扣押后归还的可能性将大大降低。

建议与后果：

• 配合调查：车主应积极配合公安机关的调查工作，提供必要的证据和信息，以加快案件的侦破和车辆的返还进程。
• 法律咨询：如果车主对法律程序或自身权益有疑问，应及时咨询专业律师，以获取准确的法律建议和帮助。
• 法律后果：如果车辆被认定为犯罪工具或车主存在过错，车主可能需要承担法律责任，包括但不限于车辆被没收、罚款等。同时，车主的声誉和信用也可能受到损害。

总结：掩饰隐瞒犯罪所得的车辆被公安机关扣押后是否归还，取决于车辆的性质、车主的责任与过错以及法律程序的处理结果。车主应积极配合调查，提供必要证据，并在必要时寻求专业律师的帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。