股东内部之间转让的协议在法院审理中主要适用《公司法》，而非《合同法》。以下是对此问题的详细分析：

一. 案情分析

首先，我们需要明确股东内部之间转让股权的协议性质。这类协议是股东之间就股权转让事宜达成的合意，其核心内容是股权的转让与受让。由于股权是公司的组成部分，且股权转让涉及到公司股东结构的变更，因此这类协议与公司法有着密切的联系。

二. 法律适用分析

1. 《公司法》的适用

   • 股权转让的特别规定：《公司法》第七十一条规定：“有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。”这一规定明确了股东之间股权转让的基本规则，是法院审理此类案件的主要法律依据。
   • 公司股东关系的调整：股权转让不仅涉及转让方和受让方之间的权利义务关系，还可能影响到公司内部股东之间的关系，如优先购买权的行使等。这些关系的调整均依赖于《公司法》的相关规定。

2. 《合同法》的适用

   • 一般合同规则的适用：虽然股东内部之间的股权转让协议也具有合同的性质，可以适用《民法典》中关于合同的一般规定，如合同的订立、履行、变更、解除等。但在具体审理过程中，这些一般规定往往需要与《公司法》的特别规定相结合，以《公司法》的特别规定优先。
   • 不排斥《公司法》的特别规定：《民法典》作为调整民事关系的基本法律，其一般规定并不排斥《公司法》等特别法对于特定领域（如公司股权转让）的特别规定。因此，在股东内部之间转让股权的协议纠纷中，《公司法》的特别规定应优先适用。

三. 推理总结

综上所述，股东内部之间转让的协议在法院审理中主要适用《公司法》，而非《合同法》。这是因为股权转让涉及到公司股东结构的变更和公司股东关系的调整，这些事项均受到《公司法》的特别规制。虽然《民法典》中关于合同的一般规定也可以适用，但在具体审理过程中应以《公司法》的特别规定为优先。

我建议在涉及股东内部之间转让股权的协议纠纷时，应重点关注《公司法》的相关规定，并结合案件具体情况进行综合分析。如有进一步需要，您可以继续咨询我。