针对您提出的“股权转让协议如果起诉打官司适用合同法还是用公司法”的问题，我给出如下解答：
结论：股权转让协议如果起诉打官司，主要适用《公司法》，同时也可能涉及《合同法》的相关规定，以及《民事诉讼法》中关于诉讼程序的规定。
分析说明：
主要适用《公司法》：股权转让是公司股东之间或股东与外部投资者之间关于公司股权的转让行为，这一行为的核心是公司股权的变动。因此，股权转让协议的法律关系主要受到《公司法》的调整。《公司法》对股权转让的条件、程序、效力等方面都有明确的规定。
可能涉及《合同法》：股权转让协议本质上是一种合同，是双方意思表示一致的结果。因此，在股权转让协议的签订、履行、解除等方面，也可能涉及《合同法》的相关规定。例如，如果股权转让协议中存在欺诈、胁迫等导致合同无效或可撤销的情形，就可以依据《合同法》的相关规定进行处理。
诉讼程序适用《民事诉讼法》：如果股权转让协议发生纠纷，当事人选择通过诉讼方式解决，那么就需要按照《民事诉讼法》的规定进行。这包括起诉的条件、管辖权的确定、诉讼程序的进行等方面。
法律建议：
在处理股权转让协议纠纷时，建议您首先明确纠纷的性质和争议点，然后结合《公司法》、《合同法》和《民事诉讼法》的相关规定，制定合适的诉讼策略。如果您对具体法律问题有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更具针对性的法律建议。