股权转让协议在法律上属于合同的一种，因此，股权转让协议纠纷属于民事案件中的合同纠纷案由。具体来说，股权转让协议是股东将其所持有的公司股权转让给受让方所签订的协议，该协议不仅明确了双方在股权转让过程中的权利和义务，还确立了这些权利和义务的合法性和有效性。一旦双方因股权转让协议的签订、履行、变更或终止等产生争议，即可构成股权转让纠纷，这类纠纷通常会被归类为与公司有关的纠纷或商事纠纷，并依据《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国民法典》合同编等相关法律法规进行处理。

在处理此类纠纷时，法院会重点审查股权转让合同的有效性、股权转让程序的合规性以及股权的实际归属等关键点，以确保股权转让的合法性和公正性。因此，在签订股权转让协议时，双方应当审慎对待，确保协议内容真实、合法、有效，并详细阅读和理解协议中的各项条款，特别是关于权利义务、违约责任等方面的约定，以避免未来可能出现的纠纷。