结论：非法拿借条起诉员工是否有效，需根据借条的合法性及诉讼程序的合规性来判断。若借条合法且诉讼程序合规，则起诉有效；若借条非法或诉讼程序违规，则起诉可能无效，甚至构成违法。
一、借条合法且诉讼程序合规的情况
借条合法性：
- 借条必须是双方真实意思表示，不存在欺诈、胁迫等非法手段。
- 借条内容需合法，不得违反法律法规的强制性规定，如不得约定超过法定利率的高额利息。
- 借条应明确借款金额、还款期限、利息等关键条款，以便法院在审理时能够准确认定债务关系。
诉讼程序合规性：
- 公司应按照法定程序向法院提起诉讼，包括提交起诉状、证据材料等。
- 法院在受理案件后，会依法进行审理，包括开庭、举证、质证、辩论等环节。
- 若公司能够提供充分证据证明借条的真实性和合法性，以及员工确实存在未偿还债务的事实，则法院可能判决员工承担还款责任。
在此情况下，公司拿借条起诉员工是有效的，法院会依法进行审理并作出判决。
二、借条非法或诉讼程序违规的情况
借条非法性：
- 若借条是通过欺诈、胁迫等非法手段获得的，则借条本身不具有法律效力。
- 若借条内容违反法律法规的强制性规定，如约定高额利息等，则借条部分或全部无效。
诉讼程序违规性：
- 若公司未按照法定程序向法院提起诉讼，如未提交必要的起诉状、证据材料等，则法院可能不予受理或驳回起诉。
- 若公司在诉讼过程中存在伪造证据、妨碍证人作证等违法行为，则可能面临法律制裁，包括罚款、拘留等。
在此情况下，公司拿借条起诉员工可能是无效的，甚至构成违法。法院在审理过程中若发现借条非法或诉讼程序违规，可能会驳回起诉或判决公司败诉，并可能对公司进行法律制裁。
三、法律建议
对于公司而言：
- 在起诉员工前，应确保借条的真实性和合法性，避免使用非法手段获取借条。
- 应按照法定程序向法院提起诉讼，并提交充分的证据材料以支持自己的主张。
- 在诉讼过程中，应遵守法律法规和诉讼程序的规定，不得伪造证据或妨碍证人作证。
对于员工而言：
- 若被公司起诉要求偿还债务，应积极应诉并搜集有利于自己的证据材料。
- 若认为借条存在非法性或诉讼程序存在违规性，应及时向法院提出异议并申请法院进行审查。
- 在诉讼过程中，应遵守法律法规和诉讼程序的规定，配合法院的审理工作。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。