发烧病假期间，全勤奖是否会被扣除，主要取决于用人单位的规章制度及劳动合同中的具体约定。以下是对此问题的详细分析：
一、规章制度和合同有明确规定的情况
规章制度合法且公示：
- 如果用人单位依法制定的规章制度中明确规定，请病假（包括发烧病假）会扣除全勤奖，并且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论），并与工会或职工代表平等协商确定，同时已向劳动者公示或告知，那么用人单位有权扣除全勤奖。
劳动合同有约定：
- 如果劳动合同中明确约定了请病假会扣除全勤奖，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位同样有权扣除全勤奖。
二、规章制度和合同无明确规定的情况
全勤奖的本质：
- 全勤奖通常是为了鼓励劳动者全勤上班而设立的奖励。从这一本质出发，病假期间劳动者未正常出勤，用人单位扣除全勤奖有一定的合理性。
病假的合法性：
- 然而，病假是劳动者因身体原因依法享有的休假权利。根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，劳动者因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，用人单位应当给予医疗期，并支付病假工资或疾病救济费。因此，用人单位不应因劳动者合理休病假而剥夺其获得全勤奖的机会。
争议处理：
- 如果用人单位的规章制度和劳动合同均未对病假是否扣除全勤奖作出规定，而双方因此产生争议，劳动仲裁机构或法院会根据具体案件情况，综合考虑用人单位的用工管理自主权、劳动者的合法权益等因素来作出裁决。例如，对于短时间的、轻微的病假，可能会倾向于不支持用人单位扣除全勤奖；而对于长时间的、严重影响正常出勤的病假，可能会支持用人单位扣除全勤奖的做法。
三、建议与提醒
- 仔细阅读合同和规章制度：劳动者在入职时，应仔细阅读劳动合同及用人单位的规章制度，了解其中关于病假和全勤奖的相关规定。
- 及时咨询：如有疑问或不明确之处，应及时向人力资源部门咨询并寻求解释。
- 依法维权：在发生争议时，劳动者可以依法向劳动仲裁机构或法院申请裁决，维护自己的合法权益。
总结来说，发烧病假期间全勤奖是否会被扣除，并没有一个绝对的答案。它取决于用人单位的规章制度、劳动合同中的具体约定以及劳动仲裁机构或法院的裁决。因此，建议您在入职时仔细了解相关规定，并在必要时寻求法律帮助以维护自己的合法权益。如果您有任何法律问题，都可以直接向我咨询。