结论：在您已还1000元但仍有2000元未还的情况下，法院仍有可能继续执行，包括冻结您的银行卡，但具体是否冻结及后续执行措施会受多种因素影响。
分析：
执行程序的持续性：
- 法院执行程序一旦启动，除非债务全部清偿或双方达成和解并经法院确认，否则执行程序不会自动终止。您已还的1000元会从总债务中扣除，但剩余的2000元仍需偿还。
执行措施的可能性：
- 法院在执行过程中，有权采取多种措施，包括但不限于冻结银行账户、查封财产、扣押收入等，以确保债务得到清偿。因此，即使您已还部分款项，法院仍可能根据剩余债务金额和您的财产状况，决定是否继续冻结您的银行卡。
与法院的沟通：
- 建议您及时与执行法院沟通，说明您的还款意愿和当前的经济状况。如果确实存在还款困难，可以尝试与债权人协商达成还款计划，并请求法院暂停或调整执行措施。法院在了解您的实际情况后，可能会考虑给予一定的宽限期或调整执行方式。
法律后果：
- 如果您未能按照法院的要求偿还剩余债务，法院可能会采取更严厉的执行措施，如将您列入失信被执行人名单、限制高消费等。这些措施将对您的信用记录和日常生活产生严重影响。
建议：
- 尽快与债权人协商：尝试与债权人达成还款协议，明确还款计划和期限，以减少法院执行带来的不便。
- 保持与法院的沟通：及时向法院报告您的还款进展和财务状况，以便法院了解您的实际情况并作出相应调整。
- 了解并行使您的权利：在执行过程中，您有权提出异议、申请复议或寻求其他法律救济途径。如果您认为执行措施不当或存在其他问题，可以及时向法院提出。
后续行动：
- 如果您已经与债权人达成还款协议，请确保按照协议履行还款义务，并及时向法院提供相关证明。
- 如果您认为执行措施存在不当之处，可以在法定期限内向法院提出执行异议或申请复议。
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