当庭毁灭证据，该证据不会因被毁灭而被认定有效。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、证据效力层面
在法律程序中，证据需具备真实性、关联性和合法性，才能被法庭认可并作为定案依据。当庭毁灭证据，意味着该证据已不存在，无法进入审查认定环节，因此不存在“认定有效”一说。毁灭证据的行为破坏了证据的真实性，因为证据原本所承载的客观事实因被毁灭而无法真实呈现，法庭难以借此查明案件真相。例如，在合同纠纷案件中，一方销毁关键合同文本，致使合同具体条款难以核实，事实认定受阻。
二、诉讼秩序层面
当庭毁灭证据的行为严重违反诉讼秩序。在民事诉讼中，根据《民事诉讼法》的相关规定，相关人员毁灭重要证据，法院可以依情节轻重对其予以罚款、拘留；若构成犯罪的，将依法追究其刑事责任。在刑事诉讼中，帮助当事人毁灭证据情节严重的，也构成犯罪，如帮助毁灭、伪造证据罪。
三、法律推定层面
虽然被毁灭的证据无法直接进入审查认定环节，但法院可以根据对方的主张、提供的线索以及相关事实和法律规定进行推定。如果一方毁灭证据导致对方举证困难，法院可能会作出对毁灭证据方不利的事实认定。这是为了平衡因证据毁灭所造成的不公平局面，维护司法公正和对方当事人的合法权益。例如，在某民事案件庭审过程中，被告为逃避不利判决，当庭将一份对自己不利的重要证据毁灭。原告主张该证据能证明被告应承担相应责任，但证据已无法进入审查认定环节。此时，法院可以根据原告的主张及提供的线索，结合相关事实和法律规定进行推定，作出对被告不利的事实认定。
四、法律后果层面
毁灭证据的行为不仅不能使证据有效，还会带来不利的法律后果。除了可能面临罚款、拘留等行政处罚外，如果构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。此外，毁灭证据者还需承担因该行为给对方造成的损失赔偿责任。
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