抵房协议中约定协议签订视为甲方已支付给乙方材料款的条款，在符合法律规定且不存在无效情形时，是有效的。以下从不同角度对此进行详细分析：
一、合同效力的一般原则
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效。这意味着，只要合同双方意思表示真实，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，合同就是有效的。在抵房协议中，如果双方明确约定协议签订即视为甲方已支付给乙方材料款，且该约定不违反上述原则，那么该条款就是有效的。
二、特定情形下的效力分析
意思表示真实：
- 双方在签订抵房协议时，必须确保意思表示真实，即双方都明确知道并同意协议中的条款，特别是关于“协议签订视为已支付材料款”的约定。如果一方存在欺诈、胁迫等情形，导致另一方在违背真实意思的情况下签订协议，那么该条款可能因意思表示不真实而无效。
内容合法性：
- 协议内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，如果抵房协议中的房产存在权属争议，或者该房产被依法查封、扣押等，那么以该房产抵偿材料款的约定可能因违法而无效。
不违背公序良俗：
- 协议内容不得违背公序良俗，即不得违反社会公共利益和道德准则。如果抵房协议中的条款明显违背公序良俗，如以非法手段获取的房产进行抵偿等，那么该条款可能因违背公序良俗而无效。
三、实际履行中的注意事项
协议签订与履行：
- 双方在签订抵房协议后，应按照协议约定履行各自义务。虽然协议中约定了“协议签订视为已支付材料款”，但乙方仍应确保甲方提供的房产符合协议约定，如房产的权属、质量等。同时，甲方也应确保在协议签订后，不再对乙方主张材料款支付义务。
证据保留：
- 双方在履行协议过程中，应保留好相关证据，如协议文本、房产过户手续、支付凭证等。这些证据在后续可能出现的纠纷中，将起到重要的证明作用。
纠纷解决：
- 如果在协议履行过程中出现纠纷，双方应首先通过友好协商解决。如果协商不成，可以依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，双方应提供充分证据证明自己的主张。
四、法律后果
如果抵房协议中的“协议签订视为已支付材料款”条款有效，那么一旦协议签订，甲方即视为已履行了材料款支付义务，乙方不得再向甲方主张材料款支付。如果乙方违反协议约定，仍向甲方主张材料款支付，甲方可以依法进行抗辩，并可能要求乙方承担违约责任。
建议：在签订抵房协议时，双方应充分了解协议内容，确保意思表示真实、内容合法且不违背公序良俗。同时，在协议履行过程中，双方应保留好相关证据，以便在出现纠纷时能够依法维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。