针对您提出的“虚开增值税专用发票合同流水怎么处理”的问题，我将结合相关法律法规，为您详细解答。
首先，需要明确的是，虚开增值税专用发票是一种严重的违法行为，它违反了税收管理的相关规定，破坏了税收秩序，因此会受到法律的严厉制裁。
一、虚开增值税专用发票的处理规定
补缴税款：
- 根据《国家税务总局关于纳税人虚开增值税专用发票征补税款问题的公告》，纳税人虚开增值税专用发票，若未就其虚开金额申报并缴纳增值税的，应按照其虚开金额补缴增值税。
- 若已就其虚开金额申报并缴纳增值税的，则不再按照其虚开金额补缴增值税。但这一规定并不免除纳税人因虚开发票而可能面临的其他法律责任。
税务处罚：
- 税务机关对纳税人虚开增值税专用发票的行为，会依据《中华人民共和国税收征收管理法》及《中华人民共和国发票管理办法》的有关规定给予处罚。
- 处罚措施可能包括没收违法所得、罚款等。具体罚款金额根据虚开金额的大小而定，虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款。
刑事责任：
- 若虚开增值税专用发票的行为构成犯罪，如虚开增值税专用发票罪，则依法追究刑事责任。这可能涉及有期徒刑、罚金等严厉的刑事处罚。
二、合同流水的处理
在虚开增值税专用发票的情况下，合同流水往往也是虚假的，即与实际交易情况不符。对于这类合同流水，税务机关在调查过程中会进行仔细审查，以确定其真实性。
若合同流水为虚假：
- 税务机关将不予认可该合同流水作为税收凭证，并可能要求纳税人提供真实的交易合同和流水以证明其交易的真实性。
- 若纳税人无法提供真实证据，税务机关将依据相关法律法规对纳税人进行处罚。
若合同流水为真实但被用于虚开发票：
- 即使合同流水本身是真实的，但若被用于虚开发票，纳税人仍可能面临法律责任。因为虚开发票的行为本身已经违反了税收管理的相关规定。
三、建议与措施
立即停止虚开发票行为：
- 若您或您的企业存在虚开增值税专用发票的行为，应立即停止，并主动向税务机关说明情况，配合调查。
积极配合税务机关调查：
- 在税务机关调查过程中，应如实提供相关资料和证据，积极配合调查工作。
加强内部管理：
- 企业应加强内部管理，完善发票开具和审核流程，确保发票的真实性和合法性。
寻求专业法律帮助：
- 若您对虚开增值税专用发票的法律责任和处理方式存在疑问，建议寻求专业法律帮助，以维护自身合法权益。
综上所述，虚开增值税专用发票是一种严重的违法行为，会受到法律的严厉制裁。对于合同流水的处理，税务机关将依据相关法律法规进行审查和处理。因此，建议您或您的企业严格遵守税收管理的相关规定，确保发票的真实性和合法性。