结论：在职期间调休时间为负数，辞职后被扣工资是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下不合法，但存在特殊情形。以下从不同角度进行分析：

1. 调休时间“为负数”的合法性分析

• 调休的本质：调休是用人单位将劳动者的工作时间与休息时间进行置换，通常用于弥补加班或完成特定任务。调休时间“为负数”可能意味着劳动者未休完的调休时间被折算为工资扣除，或用人单位以调休名义变相克扣工资。
• 法律依据：
  • 根据《劳动法》第四十四条，用人单位安排劳动者加班的，应支付不低于工资150%（工作日）、200%（休息日）或300%（法定节假日）的加班工资。若用人单位以调休替代加班工资，需与劳动者协商一致，且调休时间应合理对应加班时间。
  • 若调休时间“为负数”是因劳动者未休完调休，用人单位直接扣工资，可能违反《劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。”

2. 辞职后被扣工资的合法性分析

• 合法情形：
  • 劳动者同意：若劳动者与用人单位在劳动合同或调休协议中明确约定，未休完的调休时间可折算为工资扣除，且劳动者签字确认，则可能合法。但此类约定需符合《劳动合同法》第二十六条，不得违反法律强制性规定。
  • 劳动者过错：若劳动者因个人原因（如旷工、严重违反规章制度）导致调休时间无法使用，用人单位可能根据规章制度扣减工资，但需满足以下条件：

       1. 规章制度经民主程序制定并公示；
       2. 扣减金额不超过劳动者当月工资的20%，且扣除后不低于当地最低工资标准。
    

• 非法情形：
  • 无约定或约定违法：若劳动合同或调休协议中未约定调休时间折算工资，或约定违反《劳动法》《劳动合同法》，用人单位直接扣工资，属于违法行为。
  • 未休年休假工资报酬：根据《职工带薪年休假条例》第五条，用人单位未安排年休假且未支付300%工资的，劳动者辞职后，用人单位需补发未休年休假工资报酬，不得扣减。

3. 劳动者应对建议

• 核查证据：保留劳动合同、调休记录、工资条、考勤记录等证据，证明调休时间“为负数”的具体原因及用人单位扣工资的依据。
• 协商解决：与用人单位沟通，要求说明扣工资的合法依据，并协商补发工资或调整调休安排。
• 投诉或仲裁：若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁，主张用人单位支付被扣工资及经济补偿。

4. 特殊情形说明

• 调休与年休假的关系：若调休时间“为负数”涉及未休年休假，用人单位需按日工资收入的300%支付工资报酬，不得以调休名义扣减。
• 调休协议的效力：若调休协议显失公平（如调休时间远低于加班时间），劳动者可主张撤销协议，要求用人单位支付加班工资。

总结：调休时间“为负数”后辞职被扣工资，一般不合法，但需结合劳动合同约定、劳动者过错及用人单位规章制度综合判断。建议劳动者先核查证据，再通过协商、投诉或仲裁维护权益。如有疑问，可直接向我咨询。