农村自建房给儿子的协议书并非一定要进行公证，但公证可以增强协议的法律效力和公信力。具体分析如下：

一. 农村自建房赠与协议书的公证问题

1. 非强制性公证：农村自建房的赠与协议书并不是必须进行公证的。只要赠与双方的意思表示真实，并且符合法律的规定，该协议就是有效的。
2. 公证的效力：如果赠与双方选择进行公证，那么公证后的协议将具有更强的法律效力和公信力。在后续可能产生的纠纷中，公证过的协议能作为更有说服力的证据。

二. 公证的办理地点

• 如果赠与双方决定对协议书进行公证，可以前往当地的公证处进行办理。公证处是专门负责办理公证事务的机构，能够提供专业的公证服务。

三. 其他注意事项

1. 赠与限制：农村房屋的赠与是有一定限制的，例如受赠人需要符合相关规定。因此，在进行赠与之前，建议赠与人先了解清楚相关的法律法规和政策要求。
2. 过户手续：赠与的房屋必须办理过户手续，才能确保房屋所有权的转移。仅仅签订赠与协议而不办理过户手续，房屋的所有权是不会发生转移的。

综上所述，农村自建房给儿子的协议书并非必须要公证，但公证可以增强协议的法律效力。如果决定进行公证，可以前往当地的公证处办理。同时，赠与双方还需要注意赠与的限制和过户手续的办理。我建议在进行赠与之前，先咨询当地的法律专业人士或相关部门，以确保赠与的合法性和有效性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。