在交通事故案件中，如果被告申请的伤残鉴定因未达到医疗终结而被退回，法院会根据具体情况采取不同的处理方式。以下是对此问题的详细解答：

一、伤残鉴定被退回的常见原因及法院处理方式

1. 材料不完整或不充分：

   • 原因：伤残鉴定需要提交一系列完整的医疗材料，如病历、诊断证明、检查报告等。如果材料不完整或不充分，鉴定机构可能会退回申请。
   • 法院处理方式：法院会要求当事人补充材料，并重新启动鉴定程序。在补充材料后，法院会依据新的鉴定结果结合其他证据来确定赔偿责任和数额。

2. 鉴定事项与事实无关或鉴定机构无法作出结论：

   • 原因：有时鉴定事项可能与案件事实不直接相关，或者由于伤情复杂、技术限制等原因，鉴定机构无法作出明确结论。
   • 法院处理方式：在这种情况下，法院会综合医疗记录、诊断证明、证人证言等其他证据来认定伤残情况和损失。法院可能会参照类似案例和标准酌定赔偿数额，确保判决的公正性和合理性。

二、法院判决的依据和原则

• 以事实为依据、以法律为准绳：法院在判决时会全面审查证据，包括医疗记录、诊断证明、鉴定报告（如果存在）、证人证言等，确保判决基于事实和法律。
• 证据充分性原则：如果证据充分，能够证明被告的过错和原告的伤残情况，法院会判决被告承担相应的赔偿责任。如果证据不足，原告可能需要承担举证不能的不利后果，其部分或全部诉求可能不被法院支持。

三、具体案例分析

以您提到的案例为例，如果小朱的伤残鉴定因未达到医疗终结而被退回，且原因是鉴定材料不完整或不充分，法院会要求小朱补充材料并重新启动鉴定程序。在补充材料后，如果鉴定机构仍然无法作出明确结论，法院会综合其他证据来认定小朱的伤残情况和损失，并参照类似案例和标准酌定赔偿数额。

四、建议

• 及时补充材料：如果伤残鉴定被退回，当事人应及时补充材料，确保鉴定程序的顺利进行。
• 保留相关证据：在事故发生后，当事人应妥善保留所有与事故相关的证据，包括医疗记录、诊断证明、检查报告等，以备不时之需。
• 咨询专业律师：如果当事人对伤残鉴定或法院判决有疑问，可以咨询专业律师，获取更详细的法律建议和指导。

综上所述，当交通事故案件中被告申请的伤残鉴定因未达到医疗终结而被退回时，法院会根据具体情况采取不同的处理方式，并依据事实和法律作出公正判决。