结论前置：在大多数情况下，合同一方盖纸质章、另一方盖电子章，然后彩色扫描成PDF的合同是具有法律效力的，但前提是合同内容合法、双方意思表示真实，且符合电子签名的相关规定。

详细分析：

1. 法律效力与形式要求：

   • 根据《民法典》及相关法律规定，合同的订立可以采用书面形式、口头形式或其他形式。书面形式不仅包括传统的纸质合同书、信件，还包括可以有形地表现所载内容的电子化形式，如扫描件、PDF文件等。
   • 只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方就合同条款达成真实的意思表示一致，那么无论合同是以纸质形式还是电子形式存在，都具有法律效力。

2. 电子签名的合法性：

   • 电子签名作为现代科技发展的产物，已经被法律所认可。根据《电子签名法》的规定，可靠的电子签名与手写签名或者盖章具有同等的法律效力。
   • 在本题中，如果一方使用电子章进行签名，且该电子签名符合《电子签名法》中关于“可靠电子签名”的要求（如能够有效地表现所载内容并可供随时调取查用，能够可靠地保证电子签名自最终形成时起，内容保持完整、未被更改等），那么该电子签名就是有效的。

3. 双方真实意图的表达：

   • 合同的有效性首先取决于双方的真实意愿。如果双方都明确同意以电子形式（包括一方盖纸质章、另一方盖电子章后扫描成PDF）签订合同，并认可这种方式，那么这不会影响合同的效力。

4. 合同内容的合法性：

   • 合同的内容必须清晰、明确，并且符合相关法律法规的要求。任何模糊、不明确或违法的内容都可能导致合同无效或部分无效。

5. 证据保存与证明力：

   • 虽然扫描件作为合同的一种形式在法律上是认可的，但在发生纠纷时，其证明力可能相对较弱。因为扫描件容易被篡改或伪造，所以在诉讼中可能需要其他证据来佐证其真实性。
   • 为避免潜在争议，建议在条件允许的情况下交换原始合同文本存档，或者采取其他措施来增强合同的证明力，如使用数字签名、时间戳等。

综合建议：

• 在签订合同时，应确保双方都有明确的意愿，合同内容合法且清晰，并符合当地的法律法规要求以及电子签名的相关规定。
• 为增强合同的证明力和安全性，建议在条件允许的情况下交换原始合同文本，或者采取其他措施来保存和验证合同文件，如使用可靠的电子签名平台、添加时间戳等。
• 如果在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。