结论前置：农村办理房产证时，若房屋有25平方米占用基本农田，这一行为通常是不合法的，因为基本农田受到严格保护，不得擅自改变用途或用于非农业建设。
一、基本农田的保护规定
根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法规，基本农田是依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地，受到法律的严格保护。任何单位和个人不得擅自占用基本农田发展林果业、挖塘养鱼，或者进行其他非农业建设。这意味着，在基本农田上建造房屋或其他非农业设施是违法的。
二、占用基本农田建房的法律后果
行政处罚：对于擅自占用基本农田建房的行为，土地管理部门有权责令限期改正或者治理，可以并处罚款。如果逾期不改正或者不治理，还可能面临被责令缴纳复垦费，专项用于土地复垦，甚至被责令交出土地等更严厉的处罚。
房屋合法性：由于占用基本农田建房本身违法，因此所建房屋无法获得合法的房产证。即使通过某些手段办理了房产证，该证件也是无效的，且可能面临被撤销的风险。
拆除风险：在极端情况下，如果占用基本农田建房的行为严重违反了土地管理法规，且拒不改正，相关部门有权依法强制拆除违法建筑，并恢复土地原状。
三、合法办理房产证的途径
如果希望在农村合法办理房产证，应当确保房屋建造在合法的宅基地上，且符合当地的土地利用总体规划和村庄规划。具体步骤如下：
申请宅基地：向当地村委会或乡镇政府提出宅基地申请，并提交相关证明材料。
获得批准：经过审核后，如果符合宅基地申请条件，将获得宅基地使用证。
建造房屋：在获得宅基地使用证后，按照规划要求建造房屋。
办理房产证：房屋建造完成后，向当地房地产管理部门申请办理房产证。在申请过程中，需要提交宅基地使用证、房屋建造许可证等相关证明材料。
四、特殊情况说明
虽然一般情况下占用基本农田建房是不合法的，但也存在一些特殊情况。例如，如果因公共利益需要（如修建道路、桥梁等基础设施）而必须占用基本农田，那么需要经过国务院的批准，并按照法定程序进行土地征收和补偿。然而，这种情况并不适用于个人建房。
总结与建议：农村办理房产证时，必须确保房屋建造在合法的宅基地上，且不得占用基本农田。如果发现自己的房屋存在占用基本农田的情况，建议立即停止违法行为，并咨询当地土地管理部门或专业律师以寻求合法解决方案。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。