关于身份证被用于做农民工工资是否会被查的问题，结论是：这取决于具体情况，但一般情况下，如果涉及虚假申报或违法行为，相关机构会进行调查。
一、可能涉及的调查情况
税务或劳动监察部门的调查：
- 如果有人使用您的身份证虚假申报农民工工资，以逃避税务或获取不正当利益，税务部门或劳动监察部门在发现异常后，可能会展开调查。
- 调查过程中，您可能会被要求提供身份证明、工作记录或其他相关证据，以证明您并未参与该工资申报或并未在该单位工作。
用人单位的内部核查：
- 如果用人单位发现工资发放记录中存在异常，如身份证信息与实际员工不符，也可能会进行内部核查。
- 这种情况下，您可能会被用人单位联系，要求解释身份证被使用的原因。
二、可能面临的法律后果
如果身份证被冒用：
- 您有权要求冒用者停止侵权行为，并赔偿因此给您造成的损失。
- 如果冒用行为涉及犯罪（如诈骗、逃税等），冒用者可能会面临刑事责任。
- 您应及时向公安机关报案，并配合调查，以维护自己的合法权益。
如果身份证被合法使用但您不知情：
- 这种情况下，您可能需要与用人单位或相关机构沟通，了解身份证被使用的原因和背景。
- 如果确认是合法使用但未经您同意，您可以要求相关机构停止使用您的身份证信息，并考虑采取法律措施保护自己的隐私权。
三、建议与措施
保护个人信息：
- 妥善保管您的身份证和其他个人证件，避免泄露给他人。
- 不轻易将身份证复印件或照片提供给他人，除非确信对方是可信的且用途合法。
及时查询与核实：
- 定期查询您的个人征信记录、税务记录等，以发现是否存在异常情况。
- 如果发现身份证被冒用或存在其他异常情况，及时与相关机构联系并核实。
寻求法律帮助：
- 如果您认为自己的身份证被冒用或存在其他违法行为，且无法自行解决，可以寻求专业律师的帮助。
- 律师可以为您提供法律咨询、代理诉讼等服务，以维护您的合法权益。
如果您有任何关于身份证被冒用或劳动工伤方面的法律问题，都可以直接向我咨询。 我会根据您的具体情况，提供专业的法律建议和帮助。